短串联重复序列在河南汉族人群的遗传多 态性研究-病原生物学专业论文.docxVIP

原创声明 本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研 究所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人 或集体己经发表或撰写过的科研成果。对本文的研究作出重要贡献的个人和集 体，均已在文中以明确方式标明。本声明的法律责任由本人承担。 学位论文作者： 日期： 年 月 日 学位论文使用授权声明 本人在导师指导下完成的论文及相关的职务作品，知识产权归属郑州大学。 根据郑州大学有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留或向国家有关部 门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅;本人授权郑州大 学可以将本学位论文的全部或部分编入有关数据库进行检索，可以采用影印、 缩印或者其他复制手段保存论文和汇编本学位论文。本人离校后发表、使用学 位论文或与该学位论文直接相关的学术论文或成果时，第一署名单位仍然为郑 州大学。保密论文在解密后应遵守此规定。 学位论文作者： 日期： 年 月 日 短串联重复序列 在河南汉族人群的遗传多态性研究 研究生 康 冰 导 师 曾昭书教授 杜英教授 郑州大学基础医学院 中国 郑州 450052 摘 要 背景与目的 人类的基因组 DNA 约有 3×109bp，其中约 10%为串联重复序列，称之为卫 星 DNA，一般情况下，按照其重复单位长短的不同分为大卫星、中卫星、小卫 星和微卫星。其中微卫星（microsatellite analysis）由 2～6bp 的重复单位组成， 又被称为短串联重复序列（Short Tandem Repeat,STR）。然而由于在 DNA 复制 过程中的滑动、复制和修复时滑动链与互补链碱基的错配，会导致一个或几个 重复单位的缺失或插入，从而产生短串联重复序列。短串联重复序列是具有长 度多态性且存在于人类基因组 DNA 中的一类 DNA 序列，核心序列根据数目不 同而呈串联重复排列，并且呈现出 100-300bp 片段长度的多态性。人类基因组 DNA 中平均每 6～10kb 为一个 STR 位点间隔，一般认为，不同个体的基因组卫 星 DNA 也会有不同的重复单位数目，从而形成了复杂的等位基因片段长度多态 性；因短串联重复序列遗传符合孟德尔遗传定律，鉴于此特点，其多态性被广 泛应用于法医物证检验个体识别和亲子鉴定中。比较容易扩增的基因座片段一 般在 400bp 以下，且 PCR 扩增成功率高，检测灵敏度好，对 DNA 的质量要求 不高，且重复性好，非常适用于陈旧、微量甚至腐败检材的 DNA 分型鉴定，STR 基因座分型程序明确、方法规范简便，分型判型准确，所得分型结果图形简单， 有利于实现 DNA 的分型标准化和自动化，广泛的应用在人类的遗传学研究中。 河南地区是拥有一亿多人口的大省，其汉族群体的遗传学特征对北方汉族人群 有很好的代表性，本实验通过 24 个 STR 基因座进行 PCR 复合扩增对河南汉族 人群进行分析，以获得河南汉族人群这些基因座的群体遗传学数据。通过收集 中国其他省份、其他民族 12 个群体的 STR 基因座频率数据，从而计算分析不同 I 民族群体间的遗传距离，构建了多个民族间的系统发生树，以探讨他们的遗传 关系。并选取巨细胞病毒及人乳头瘤病毒进行扩增，分析验证 PowerPlex? Fusion System 扩增系统能否对自然界中常见的病原微生物产生检测信号，从而证明 PowerPlex? Fusion System 扩增系统是否有特异性。 材料和方法 采集 1503 名无亲缘关系的河南汉族个体血样样本，2% EDTA 抗凝，全自动 核酸提取仪、Chelex-100 法提取基因组 DNA；用 PowerPlex? Fusion System 荧 光标记试剂盒复合扩增 24 个基因座，包含 22 个 STR 基因座(D3S1358，D1S1656， D2S441，D10S1248，D13S317，PentaE，D16S539，D18S51，D2S1338，CSFlPO, PentaD, TH01，vWA，D21S11，D7S820，D5S818，TPOX，D8S1179，D12S391， D19S433，FGA，D22S1045)，1 个 Amelogenin 基因座以及 1 个 Y-STR 基因座 （DYS391）；利用毛细管电泳荧光自动检测系统对复合扩增产物进行检测和分 型，以 Genemapper ID-X 软件判读各检测个体的基因型。χ2 检验判断各 STR 位 点的基因型分布是否符合 Hardy-Weinberg 平衡定律，PowerStatsV12 软件计算各 基因座频率，观察杂合度（Observed heterozygosity, Hob），期望杂合度（Expected heterozygosity,