基于转录组信息的黑果枸杞MYB转录因子家族分析.PDF

中国农业科学 2017,50(20):3991-4002 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2017.20.013 基于转录组信息的黑果枸杞MYB转录因子家族分析 严莉 1,2 2 2 2 2 ，王翠平 ，陈建伟 ，乔改霞 ，李健 1 2 （宁夏大学生命科学学院，银川 750021 ； 宁夏林业研究院种苗生物工程国家重点实验室，银川 750004 ） 摘要：【目的】MYB 基因家族是植物中最大的一类转录因子家族，广泛参与植物的生长发育和代谢调控过 程。目前仍没有针对枸杞等木本作物 MYB 转录因子家族的系统分析。基于转录组数据鉴定分析黑果枸杞 MYB 基因家族，可为该类基因生物学功能和代谢调控机制的研究提供参考。【方法】基于黑果枸杞转录组测序 （RNA-Seq）数据，利用 NR、NT、Swiss-Prot 和 PFAM 4 个数据库和 NCBI 网站，对黑果枸杞 MYB 基因进行筛 选注释；利用 Web Logo3、Prot Comp 9.0、MEGA5.0 软件进行保守结构域、亚细胞定位和系统进化等生物信 息学分析。基于转录组数据分析 MYB 基因在黑果枸杞果实不同发育期的差异表达模式，并采用荧光定量 PCR 方法进行验证。【结果】基于转录组测序数据，注释得到 83 个黑果枸杞 MYB 类转录因子基因，根据结构特性 将其分为 4 大类：R2R3-MYB、1R-MYB、3R-MYB 和 4R-MYB。结构域分析表明：R2R3-MYB 类转录因子的 R2 MYB 基序中包含 3 个极度保守的色氨酸残基，R3 MYB 基序中的第一个色氨酸残基被疏水氨基酸替代。比较分析黑 果枸杞 MYB 家族和拟南芥 MYB 家族共同构建的进化树发现，黑果枸杞的 MYB 家族在进化上包括 3 个大类，6 个亚类。亚细胞定位预测结果显示，44 个 MYB 转录因子定位于细胞质中，37 个定位于细胞核中。基于转录组 数据的 MYB 差异表达模式分析表明，黑果枸杞 MYB 基因可能参与了果实不同发育时期花青素变化的调控；基 于荧光定量 PCR 的差异表达数据进一步验证了部分 MYB 转录因子在果实不同发育时期的花青素合成中可能起 到调控作用。【结论】黑果枸杞 MYB 基因家族注释得到 83 个黑果枸杞 MYB 类转录因子基因，为进一步研究 MYB 家族的基因结构和生物学功能奠定了基础。 关键词：黑果枸杞；转录组测序；MYB家族；分层聚类分析；表达模式 Analysis of MYB Transcription Factor Family Based on Transcriptome Sequencing in Lycium ruthenicum Murr. 1, 2 2 2 2 2 YAN Li , WANG CuiPing , CHEN JianWei , QIAO GaiXia , LI Jian 1 2 ( College of Life Science, Ningxia University, Yinchuan 750021 ; State Key Laboratory of Seedling Bioengineering, Ningxia Forestry Institute, Yinchuan