小麦5DLXbarc320-Xwmc215区段SSR标记的开发-山东农业大学.PDFVIP

山东农业大学学报 自然科学版( ),2016,47(4):494-500 VOL.47NO.42016 Journal of ShandongAgriculturalUniversity (Natural ScienceEdition ) doi:10.3969/j.issn.1000-2324.2016.04.003 小麦5DL 上基于SNP 序列的新SSR标记的开发 * * 陈 芳李文静邓志英 田纪春 陈建省, , , , 作物生物学国家重点实验室; 山东省作物生物学重点实验室、小麦品质及分子育种研究室, 山东 泰安 271018 摘 要: 本文旨在利用粗山羊草的物理图谱及其基因组序列数据库开发普通小麦5DL 上Xbarc320-Xwmc215 区段与 SNP 紧密连锁的SSR 标记（SNP-SSR）。对AT5D4910-AT5D5010之间的90个SNP 位点进行了序列延伸和本地Blast， SSRHunter SNP SSR Primer5 109 SSR 利用 软件查找 位点附近的 位点，并利用 设计引物。结果共发现 个 位点。对 其中的72 个位点设计引物，得到了47个5DL 上Xbarc320-Xwmc215 区段的SNP-SSR 标记。对新开发的标记，利用 22 个小麦品种及人工合成小麦材料、中国春缺体四体及DH 群体进行了有效性、多态性的检测及染色体定位。结果 5D Xtdc11 Xtdc31 Xtdc38 表明，这些标记均能扩增出稳定清晰的带型，并且均定位与小麦 染色体上；其中四个标记 、 、 、 Xtdc44整合到了豫麦57 与花培3 号群体的5DL 图谱上。 关键词: SNP-SSR; 标记开发; 小麦5D 染色体 中图法分类号:S33 文献标识码:A 文章编号:1000-2324(2016)04-0494-07 Development ofWheat SNP-SSRMarkerson5DL Chromosome * * CHEN Fang,LIWen-jing,DENGZhi-ying ,TIAN Ji-chun ,CHEN Jian-sheng Group of Wheat Quality andMolecularBreeding/Key Laboratory of Crop Biology of ShandongProvince;StateKey Laboratory of Crop Biology, Taian271018,China Abstract: The objective of this study was to develop SNP-SSR markers on Xbarc320-Xwmc215 of 5DL chromosome for wheat by using the physical map ofAegilops tauschii and the database of wheat D genome sequence. SSR Hunter software was used to search SSR loci based on SNP sequences and then SNP-SSR primer pairs were designed by using Primer 5.0 software. The validity of primer pairs was detected using 22 wheat varietie