木本油料文冠果APETALA2基因全长cDNA序列和生物信息学分析.docVIP

木本油料文冠果APETALA2基因全长cDNA序列和生物信息学分析 　　摘要 文冠果是我国北方特有的木本油料树种。AP2是植物种子发育调控的重要转录因子。根据已获得的文冠果转录组数据搜索文冠果AP2基因序列（XsAP2），并对XsAP2基因全长cDNA序列进行生物信息学分析。结果表明，XsAP2基因cDNA序列包含1个长度为1 548 bp的完整ORF，编码515个氨基酸。XsAP2蛋白大部分区域为亲水区，由136个?宦菪?、89个延伸链、43个β-转角、247个无规则卷曲构成。依据2gcc.1.A同源建模法，获得1个三级结构模型，该模型从第153个氨基酸开始到第213个氨基酸结束。XsAP2蛋白与9种其他植物AP2蛋白的同源性分析显示，文冠果AP2与可可AP2的同源性最高（71%）。该结果可为解析文冠果种子生长发育的分子调控机制提供理论依据，并有助于文冠果油品质改良和文冠果分子育种工作。 　　关键词 文冠果；APETALA2基因；cDNA；亲水性；?宦菪?；同源性 　　中图分类号 S794.9 文献标识码 A 文章编号 1007-5739（2018）02-0145-02 　　文冠果是我国北方特有的木本油料树种，其种仁含油量高达50%～70%，富含油酸、亚油酸、神经酸等优质不饱和脂肪酸[1]，是国家“十三五”期间大力发展的新型健康木本食用油，在许多工业领域如制药与生物质能源等方面也具有重要的用途。因此，挖掘调控文冠果种子发育的重要转录因子基因，对提高文冠果种子产量和含油量具有重要意义。 　　AP2/ERF转录因子是植物最大的转录因子家族之一，含有1～2个保守的AP2/ERF结构域[2-3]。其中AP2亚家族转录因子主要参与植物花、果实和种子等器官生长发育的调控[4]。APETALA2是AP2亚家族的成员之一，已相继在拟南芥、水稻和葡萄等物种中分离出来[5]，而在文冠果中AP2转录因子方面的研究还较少。因此，本研究在测序获得的转录组数据中筛查文冠果APETALA2（AP2）基因的全长cDNA序列，通过生物信息学方法分析AP2转录因子的结构特征及功能，为解析文冠果种子生长发育的分子调控机制提供依据，有助于文冠果油品质改良和文冠果分子育种工作。 　　1 材料与方法 　　1.1 搜索转录组获得新基因序列 　　从本研究室测序获得的文冠果根、茎、叶的de novo转录组数据中搜索获得文冠果AP2基因的cDNA序列。 　　1.2 文冠果AP2基因cDNA序列的生物信息学分析 　　利用ORFfinder在线软件（https：///gorf/gorf.html）预测XsAP2基因cDNA序列的ORF。采用Prot-Param在线软件（http：///protparam/）预测XsAP2蛋白序列的一级结构。通过ProtScale在线软件（http：///protscale/）分析XsAP2蛋白的疏水性/亲水性。利用SOPMA在线软件（https：//npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/secpred_ sopma.pl）预测XsAP2蛋白序列的二级结构。采用SWISS-MODEL软件（http：// /）预测XsAP2蛋白的三级结构。 　　1.3 文冠果AP2蛋白与其他植物AP2蛋白氨基酸序列的同源性比较 　　从NCBI数据库（https：///）下?d9种植物（可可、甜橙、葡萄、木本棉、木薯、千年桐、土瓶草、陆地棉和麻风树）的AP2氨基酸序列。然后利用DNAMAN软件将文冠果和9种其他植物的AP2氨基酸序列进行同源性比对。 　　2 结果与分析 　　2.1 文冠果XsAP2基因cDNA序列的ORF预测 　　依据本实验室已获得的文冠果转录组数据，搜查获得文冠果AP2基因的全长cDNA序列。使用ORF Finder软件，根据标准遗传代码查找XsAP2的开放读码框（ORF），结果显示，AP2基因ORF序列长度为1 548 bp，可编码515个氨基酸（图1）。 　　2.2 XsAP2基因编码蛋白质一级结构预测 　　利用ProtParam在线软件对XsAP2基因编码的蛋白质的结构预测见表1。XsAP2蛋白分子式为C2482H3827N755O801S16，相对分子质量为57 572.23，等电点为6.38，蛋白质不稳定系数为60.47。 　　2.3 XsAP2蛋白疏水性/亲水性分析 　　利用ProtScale在线软件对XsAP2蛋白序列进行疏水性/亲水性预测，根据线性质量差异模型，得到蛋白质亲疏水性信号（图2）。图2中可见XsAP2蛋白的疏水性最大值为0.989，最小值为-3.511，总体来看XsAP2大部分氨基酸属于亲水性氨基酸。 　　2.4 XsAP2蛋白序列的二级结构预测 　　基于蛋白质数