基于随机共振理论下基因转录调控系统仿真特性的研究的方法分析.docVIP

基于随机共振理论下基因转录调控系统仿真特性的研究的方法分析 　　摘 要 考虑噪声理论对非线性系统的影响，以基因转录调控系统为出发点，分析噪声理论对该系统影响的发展历程。重点提出一种基于随机共振理论下基因转录调控系统仿真特性研究方法，并详细论述该研究方法具体的研究内容、技术路线和研究目标，并对预期研究成果和发展趋势进行分析。 　　关键词 仿真 基因 转录 噪声 随机共振 　　中图分类号：TP391.9 文献标识码：A 　　0引言 　　1988年Smolen等人提出一个关于转录因子促进基因转录的调节网络的确定论模型，该模型包含着转录因子TF-A的二聚合物、TF-A的正反馈作用以及非线性相互作用力。经试验、理论证明，该模型可以很好地解释某些实验现象。Smolen等人提出的这个最具普适性的模型是一个确定论的模型，不包含任何的随机机制。但是大量的试验表明在蛋白质的合成率和蛋白质的降解率是存在随机涨落的。因此，在这两项考虑其波动，引入高斯噪声，可以让系统更加接近真实细胞中的调节过程。大多数学者研究的问题是基因转录过程中基因开关到底是处于“开”还是“关”的状态，由于基因的状态是不能直接测量或者计算的，所以理论和试验往往根据细胞中该基因转录合成蛋白质的水平来研究该问题。如果细胞中蛋白质的水平很高，则意味着基因处于“开”的状态；如果蛋白质的水平很低，则认为基因处于“关”的状态。 　　在此基础之上，根据随机共振相关理论，通过研究系统稳态概率分布函数和系统平均首次通过时间，则可以讨论基因转录过程中基因状态是否会发生“双开关”现象、系统相变以及噪声的涨落如何诱导基因状态的开关转换。同时，为更清晰地弄清基因转录系统基因开关的转换机制，提出一种致力于构建基于随机共振理论下的可视化研究模型的研究方法，以期为今后基因治疗提供一种新的研究手段。 　　1国内外研究现状 　　噪声理论对非线性系统的影响已经吸引很多学者的注意，其理论应用到生物系统、双稳系统、激光系统、生态系统等各个领域。噪声能够产生很多奇异的现象，如在基因选择过程中，出现重入现象；关联噪声强度能够破坏对称双稳系统的对称性，导致从单峰变为双峰；噪声也可以引起随机共振现象出现等。研究这些效应的产生条件、机理及其应用，已成为生命科学发展的一个重要前沿领域，其研究成果正推动着许多学科的发展和相互交叉。 　　1994年，胡岗出版《随机力与非线性系统》一书，随后对非线性系统的研究者大大增加。基因转录调节系统是关于转录因子促进基因转录的调节网络的模型模拟，于1998年由Smolen等人提出，国内研究者迅速对该模型展开多方面的研究。在不受噪声干扰条件下，这个模型的研究已经很多。然而，由于自然界总是存在着波动涨落，因此研究噪声作用下基因转录调节系统的动力学性质是十分必要的。 　　刘泉等人在2004年考虑到在蛋白质的合成率和蛋白质的降解率上存在着随机涨落，引入高斯白噪声，研究噪声源独立和白关联的情况下，蛋白质浓度的稳态和瞬态性质，得到很有意义的结论：噪声源独立时，随着乘性噪声强度的增长，蛋白质浓度经历一次转化；关联时，蛋白质浓度经历两次转化。 　　然而，在他们的工作中认为噪声源之间的关联时间为零现实中，真正噪声的关联时间虽然很小，但是并不严格等于零。对关联时间为零的噪声，它的功率谱由相应关联函数的傅里叶变换给出，与频率无关，功率趋于无穷。然而，实际功率不可能是无穷。也就是说，只有当系统的弛豫时间远远大于关联时间时，才认为关联时间为零，以理想模型来处理。因此考虑有限关联时间对系统的影响是合理、更接近实际过程。2009年，刘雪梅等人研究加性和乘性噪声对基因转录调控的影响，并指出噪声不仅可以改变系统的稳态分布，而且还可以使基因转录在两个稳态之间转换。2012年，王参军研究基因转录调控系?y中的色噪声诱导蛋白质浓度转换现象，并得到分解率噪声的自关联时间引起蛋白质浓度经历“关”到“开”的转换。2015年，冯天荃等人研究加性幅度调制信号和关联噪声驱动下基因转录调控系统中的随机共振现象，并观察到多重随机共振现象。 　　一般说来，只有分析系统随时间的演化，才能更全面地反映噪声对系统动力学行为的影响。平均首通时间是描述逃逸问题的基本量之一，是系统从一个稳态出发穿越势垒进入另一势阱所用时间的平均值，用来描述非线性系统的瞬态性质，也是刻画该系统动力学动态性质的一个重要方面，所以研究色交叉关联噪声驱动的基因转录调节系统，考察其瞬态性质对真正的转录过程有一定的探索意义。 　　鉴于上述研究背景，根据随机共振的相关理论，则可以通过研究系统的稳态概率分布函数和系统的平均首次通过时间，然后对基因转录过程中基因的状态是否会发生“双开关”现象、系统相变以及噪声的涨落如何诱导基因状态的开关转换进行讨论。同时，为更清晰地弄清基因转录