【精编】【生物信息学第二版】计算表观遗传学.pptVIP

* 1111 * 1111 第三节 组蛋白修饰的表观基因组 Section 3 Epigenome of Histone Modifications * 1111 一、组蛋白密码是重要表观遗传标记之一 （一）核小体与组蛋白修饰 1. 核小体与组蛋白 * 1111 组蛋白修饰位点 * 1111 2. 组蛋白修饰与转录 关于组蛋白修饰在转录中的作用，已经有许多模型如电中性模型、组蛋白密码以及信号通路模型被提出来。 不同的组蛋白修饰类型的作用不尽相同。 * 1111 组蛋白乙酰化主要促使基因表达和DNA复制，使组蛋白乙酰化定位的基因得到动态的调控。组蛋白去乙酰化则使基因沉默。 组蛋白的磷酸化可以改变组蛋白的电荷，对基因转录、DNA修复和染色质凝聚等过程起调控作用。 组蛋白的泛素化可以降解组蛋白的泛素标记，启动基因表达。 * 1111 3. 组蛋白修饰的命名法 一个组蛋白修饰的精确表示由三部分组成：组蛋白名称+组蛋白尾巴上的位点+修饰类型和个数。 例如基因转录起始位点富集普遍存在H3K4me3修饰，它是组蛋白H3上，具体的位置为第四个位置即赖氨酸（lysine, K），该位置存在三个甲基基团。 * 1111 又如H3K9me，则表示组蛋白H3上的第九位置上的甲基化修饰，但并没有指定甲基集团的数目，则泛指组蛋白甲基化修饰，这些模糊记法已被广泛地使用。 * 1111 （二）激活性和抑制性的组蛋白修饰 根据对基因起到激活还是抑制作用，组蛋白修饰可以大致分为两类：激活性的组蛋白修饰和抑制性的组蛋白修饰。 激活性的组蛋白修饰中最常见的是H3K4me。 抑制性的组蛋白修饰中最常见的是H3K27me。 * 1111 * 1111 （三）组蛋白密码 1. 动态而又稳定的组蛋白密码 组蛋白的氨基酸残基可以接受许多种化学修饰，包括甲基化和乙酰化等修饰。质谱分析检测到组蛋白H2A有13个可以接受修饰的位点，H2B、H3和H4则分别有12个，21个和14个可以接受修饰的位点。每个氨基酸残基位点可以发生至少一种化学修饰。 * 1111 2. 细胞分化过程中的组蛋白密码 组蛋白修饰的调控在许多生理过程中起到重要作用，这其中就包括细胞分化。研究发现组蛋白乙酰化对维持细胞的未分化和多能状态十分重要。使用组蛋白去乙酰酶抑制剂有助于维持干细胞的多能性（pluripotency）。 * 1111 相反，用去乙酰酶抑制剂刺激人类成熟细胞或癌症细胞会诱导分化的进行。因此，表观遗传调控对于细胞成熟至关重要。到底是什么类型组蛋白修饰或组蛋白修饰组合控制分化呢？如前所述，组蛋白乙酰化有助于保持细胞的多能性。 * 1111 细胞分化过程中的组蛋白修饰变化 * 1111 （一）测定组蛋白修饰的高通量技术 二、组蛋白修饰的高通量测定及分析技术 检测技术 ChIP-chip ChIP-SAGE ChIP-Seq 定量性 受杂交效率影响 定量 定量 分辨率的影响因素 染色质长度及探针密度 酶切效率 染色质长度，测序深度 全基因组范围实验花销 多 多 少 实验对于测定区域的局限性 局限于预设的基因组区域 受酶切位点的限制 可覆盖大部分基因组区域 * 1111 ChIP–chip 来自Genome-wide approaches to studying chromatin modifications * 1111 ChIP–SAGE ChIP–Seq * 1111 （二）分析基因组范围的组蛋白修饰数据 1. 高通量组蛋白修饰分析工具 Tiling Array TileMap 基于模型的瓦式芯片分析算法（model-based analysis of tiling–array algorithm, MAT）。 ChIP-Seq CisGenome MACS * 1111 2. 组蛋白修饰峰值探测 与其他基于ChIP的高通量技术一致的是，从ChIP-Seq标签数据鉴别出可靠的组蛋白修饰谱，等价于寻找一段基因组区域内的统计学显著的组蛋白修饰标签的峰。 一个最直接的想法是，对于一段长度一定的基因组区域来说，包含R个序列标签可以从统计学水平支持这段区域被组蛋白修饰所定位。 * 1111 一般原理 构造背景分布： 泊松分布 例：人类基因组gsize=3.0E9*0.8=2.4E9 窗宽w 基因组期望的标签数（CD4+ T细胞H3K9me3） 求 使 0.01 * 1111 当R=3时，p=0.0021，满足要求。所以，以w为窗宽，将基因组打碎，以d为步长，移动窗口，找出满足大于3个标签的窗口，合并后即为组蛋白修饰H3K9me3定位区域。 * 1111 * 1111 三、组蛋白修饰与其他表观遗传修饰的协同调控 （一）DNA甲基化