3 人类基因组学.pptVIP

第二层基因组学与医学： 当今医学研究中心已经由“”疾病“转变为”健康“；因此基因组研究不仅在于寻找致病基因和治疗方案，而且体现在寻找有价值的易感基因，防患于未然未然。并依据个体遗传背景实现个体化医学 第三层基因组学与社会 涉及到社会伦理、法律等问题 如：如果技术允许的话，个体是否有必要提前预知自己未来的生老病死；个人遗传背景是否属于个人隐私不可公开？ 对于那些检测到的遗传背景存在缺陷的个体，是否应该对其婚育进行干涉？等等*涉及的层面比较复杂，课堂上不展开讨论 注意：临床医生必须注意为病人保守秘密，维护知情同意，反对基因增强和胎儿选择。 资源共享才能最大限度地发挥其价值 * 单一序列通过基因组计划结果发现：17、19、22号基因多，4、13、18、x少 1、全部人类基因组约有2.91Gbp，约有39000多个基因；平均的基因大小有27kbp；其中G+C含量偏低，仅占38%，而2号染色体中G+C的含量最多；到目前仍有9%的碱基对序列未被确定，19号染色体是含基因最丰富的染色体，而13号染色体含基因量最少等等 2、男性的基因突变率是女性的两倍， 3、人类基因组中存在“热点”和大片荒漠。 EGP是1997年10月由美国国立环境卫生科学院首先提出，并于1998年投资6000万美元正式启动。主要研究包括肿瘤在内的7大类疾病以及10大类200多个环境应答基因（例如外源化合物的代谢酶基因，CYP450基因等） 平均每300个碱基对中就有1个SNP。 HapMap是人类基因组中常见遗传多态位点（SNP）的目录，它描述了这些变异的形式、在DNA上存在的位置（连锁关系）、在同一群体内部和不同人群间的分布状况。 利用HapMap数据库，研究人员通过比较不同个体的基因组序列来确定染色体上共有的变异区域。这将能够发现与人类健康、疾病以及对药物和环境因子的个体反应差异相关的基因。 2002年正式实施，历时三年，成功构建了人类基因组单体型图数据库。目前仍在不断扩充和完善。 染色体不能直接测序，需对其解析作图，化大为小。 作图方式主要两种：遗传连锁图，物理图谱 * * 关键在于寻找遗传标记：已知的基因，或者多态性标记等；根据位于同一条染色体上遗传标记之间彼此的重组关系，确定其在染色体上的相对距离。 1%重组率 物理图谱的作用在于将遗传图谱中的图距换算成物理距离——即碱基排列顺序[碱基对(bp)或千碱基(kb)或兆碱基(Mb)] 。 * 塞雷拉采用了更快速同时更具风险的技术全基因组霰弹枪测序法。霰弹枪测序法的思想是将基因组打断为数百万个DNA片断，然后用一定的算法将片断的序列信息重新整合在一起，从而得到整个基因组序列。为了提高这一方法的效率，1980年代，测序和片断信息整合达到了自动化。这一方法虽然已被用于序列长达6百万个碱基对的细菌基因组测序，但对于人类基因组中3千万个碱基对的序列测定，这一技术能否成功在当时还未有定论。 * * 3. 所谓富集研究就是综合分析。——对基因组所有基因分别从分子功能、生物学过程以及细胞组分等三个方面进行综合分类 个体化的基因组医学 基因芯片进入临床服务时，不仅可以高效进行分子诊断，而且可以鉴定每个人基因组的表达格局。临床医生可以根据每个人的生物学密码，制定个人特异的治疗方案，避免药物的毒副反应；判断多基因复杂病的发病风险，通过改进生活方式，防止发病。 临床医生必须注意为病人保守秘密，维护知情同意，反对基因增强和胎儿选择。 第四节 人类基因组学 人类基因组学（human genomics）是研究人类基因组组成，基因组内各基因的精确结构、相互关系以及表达调控的科学。 1990 1995 2000 2005 2010 2015 HGP EGP HapMap HEP TCGA DNA元件大全 3D核小体计划 人类基因组计划及其延伸计划一览图 一、人类基因组计划 Genomics to biology Genomics to health Genomics to society Gene Bank：美国国家生物技术信息中心（NCBI） EMBL：欧洲生物学信息研究所（EBI） DDBL：日本信息生物学中心（CIB） 生物信息学已改变了基础生命科学研究的运作 方式，极大地提高了工作效率。 国际上三大公共基因数据库： 人类基因组的结构特征： 不到3万个编码基因，仅相当于线虫和果蝇的两倍，但其编码的蛋白组复杂。 许多特征在基因组上分布不均一：基因、GC含量和CpG 岛等。 人类基因组中含有大量的SNP。 二、环境基因组计划（EGP） Environmental Genome Project 许多慢性疾病（如肿瘤）都是环境危险致病因素作用于具有遗传易感基因的个体所致。环境应答基