系统生物学第一章系统生物学概况.pptxVIP

系统生物学System Biology;中文参考书;English Books;第一章 系统生物学概况;;;;;不同的有机体遵循着统一的规律;;繁殖就是将DNA双螺旋传给后代;不同结构的蛋白质负责不同的生命活动;不同氨基酸序列的蛋白质具有不同的空间结构;蛋白质是由20种氨基酸连成的生物大分子;蛋白质的形成倚赖DNA上的遗传信息;遗传密码（三个碱基）决定一种氨基酸;基因就是含有遗传密码的一段DNA序列;;转录： 解读基因的语言;;现代生命科学的“中心法则”;;;小结;还原论及其局限性;传统思路：信号通路 实际情况：信号网络;;基因组 (Genome) 载有细胞或生物个体的全套遗传信息的全部遗传物质;;;;人类基因组计划的意义（2）;;;高通量低成本测序技术：个性化医学的基础;;;;;生命进化与转录组;;;酵母的基因功能网络;;神经网络;;传统生物科学 （中国传统医学）;系统生物学是21世纪生命科学革命的代表;49;;物理学;系统生物学 (Systems Biology);; 系统生物学从系统水平来理解生物学系统， 利用一系列的原理与方法学来研究分子行为与系统特性与功能的关系，通过多种组学的联合以及计算生物学来 定量阐明和预测生物的功能、表型和行为。 Systems biology is a discipline to study the spatial-temporal interactions of components in different levels of biological systems, seeking to find the laws in the organization principles, dynamic behaviors and emergent properties of such biological systems.;系统生物学的分类;近几十年来发展最为迅速的生物科学; 分子生物学 与 系统生物学; 分子生物学 与 系统生物学;传统分子生物学;“系统论是还原论和整体论的辩证统一” ----- 钱学森;1948年，控制论之父Norbert Wiener提出生物系统和控制系统可以用同样的科学方法进行研究;;;;系统生物学的基本工作流程 ; 是生物学 是大数据整合 是建模仿真 是系统科学;系统生物学的四个研究层次;1.系统结构的识别和研究 （System Structure） 这包括基因相互作用网络、生化代谢 途径以及这些相互作用以何种机制调 节生物系统的研究等内容。 ;2.系统的动态特征分析 （System Dynamics） 要研究生物系统在不同条件下不同时间不同条件的行为，要对生物系统进行代谢分析，敏感性分析，动态分析等等从而发现生物系统的特定行为的机理机制。 ;3.系统的控制方法 （The Control Method） 系统能够控制一个细胞状态使得细胞功能受损最小，通过研究可以为疾病治疗提供潜在的药物靶标。;4.系统的设计方法 （The Design Method） 将生物系统利用仿真、模拟等方法设计，最终达到建立数据系统模型的目的。 ;73; 第一步：对选定的某一生物系统的所有组分进行了解和确定，描绘出该系统的结构，包括基因相互作用网络和代谢途径，以及细胞内和细胞间的作用机理，以此构造出一个初步的系统模型。 第二步：系统地改变被研究对象的内部组成成分（如基因突变）或外部生长条件，然后观测在这些情况下系统组分或结构所发生的相应变化，包括基因表达、蛋白质表达和相互作用、代谢途径等的变化，并把得到的有关信息进行整合。 第三步：把通过实验得到的数据与根据模型预测的情况进行比较，并对初始模型进行修订。 第四步：是根据修正后的模型的预测或假设，设定和实施新的改变系统状态的实验，重复第二步和第三步，不断地通过实验数据对模型进行修订和精练。系统生物学的目标就是要得到一个理想的模型，使其理论预测能够反映出生物系统的真实性。;整合－系统生物学的核心;经典的分子生物学研究——垂直型的研究。 基因组学、蛋白质组学和其他各种“组学”——水平型研究。 系统生物学的特点——把水平型研究和垂直型研究整合起来，成为一种“三维”的研究。 ;;;;; 生命科学 信息科学 系统科学;生物学 物理学 化学 工程学 数学 计算科学;实验技术 （Wet Part） 信息技术 （Dry Part）;实验技术;计算技术; 常用数据库 序列和结构数据库 基因表达数据库 蛋白相互作用数据库 代谢途径数据库