刘小龙 循环肿瘤DNA(ctDNA)检测策略及临床意义课件.ppt

Comparison of ctDNA, CEA and imaging dynamics in individual study subjects 病人都经过多次手术和化疗 第一次手术进行局部切除时，ctDNA含量并没有降低；第二次手术完全切除时，ctDNA含量大幅下降。 ctDNA能实时显示病人体内肿瘤负荷的动态信息，以及治疗的效果（手术及化疗）。 标记扩增深度测序（TAM-Seq） 二步扩增： 预扩增：利用特异性引物进行15偱环的目标区域扩增 标签扩增：利用通用不同特性的接头标签进行二次扩增 双向重复测序：提高测序精度 突变频率检出率可达2% 敏感性和特异性高于97% 成本较低，利于临床应用 设计了48对引物去扩增TP53，EGFR，BARF，KRAS等癌症相关基因的5995bp突变区域 同时可对10个特异的癌症突变位点进行监控 用于确定多发癌症患者的复发病灶 用于监控癌症患者的肿瘤动态发展 癌症个体化深度测序 (CAPP-Seq) 该方法利用定制化的突变位点库作为”筛选器”， 对样本进行靶向捕获后再进行超深度测序（可达到10000X），其对肿瘤的ctDNA检测灵敏度更高，特异性更强，与全外显子测序等相比经济可行。 Stage I 检出率50% Stage II-IV 检出率100% 特异性可达到96% 突变检出率0.02% Selector 区域：139个基因的521个外显子和13个内含子，约125K，占人基因组的0.004% 测序覆盖深度10000X 肿瘤的早期诊断 动态监测肿瘤的发生发展及疗效 评估肿瘤的异质性 评估肿瘤复发转移风险 靶向检测耐药突变，跟踪获得性耐药的发展，进行个性化用药指导 ctDNA的临床应用 ctDNA ctDNA的分析指标 4 cfDNA含量 1 2 3 5 ctDNA突变频率 微卫星杂合性 cfDNA完整性 ctDNA甲基化频率 ctDNA的分析指标 4 cfDNA含量 1 2 3 5 ctDNA突变频率 微卫星杂合性 cfDNA完整性 ctDNA甲基化频率 乳腺癌病人（尤其在转移性乳腺癌）的血浆cfDNA的完整性显著下调，而血浆cfDNA的浓度显著上调，可作为早期诊断的标志物，具有较好的敏感度和特异性。 肝癌病人的血浆中存在两种不同长度的DNA分子：短链DNA分子（150bp）和长链DNA分子（ 180bp ）； 短链DNA分子与ctDNA突变率及拷贝数异常相关，且与ctDNA浓度正相关； 长链DNA分子不携带肿瘤相关ctDNA特征，且与ctDNA浓度负相关。 肝癌病人血浆中线粒体DNA的含量显著高于健康人、乙肝及肝硬化患者，对肝癌的诊断具有较高的灵敏性和特异性，分别达80%和94%，可作为肝癌诊断的有效分子标记。 Proc Natl Acad Sci U S A.?2015 Mar 17;112(11):E1317-25. doi: 10.1073/pnas.1500076112. Epub 2015 Feb 2. Lengthening?and?shortening?of?plasma?DNA?in?hepatocellular?carcinoma?patients. 线粒体DNA可用于肝癌的诊断 J Clin Pathol?2013;66:775-778? American Journal of Clinical Pathology?2015; 143(1):18-24.? PLoS One. 2015; 10(4): e0108247. ctDNA的分析指标 4 cfDNA含量 1 2 3 5 ctDNA突变频率 微卫星杂合性 cfDNA完整性 ctDNA甲基化频率 利用数字PCR检测640例不同癌症病人的血浆ctDNA，在超过75%的病人血液中检测到ctDNA，原发癌检出率约为50%。 在结肠癌，胃癌，胰腺癌，乳腺癌中，ctDNA检出率分别为73%, 57%, 48%, 50% 。 相对于原发癌，ctDNA在转移癌中检出率更高，且分期越高，ctDNA检出率也更高； 可用于耐药突变的检测； ctDNA是普遍适用的、敏感和特异的标志物,可用于不同类型癌症患者的临床监测。 N Engl J Med 2013; 368:1199-1209 在30例转移性乳腺癌患者接受系统性治疗的不同时间点测定血液中的ctDNA，CA 15-3， CTC细胞的含量，比较三者之间的敏感度。 Comparison of Circulating Tumor DNA, CA 15-3, and Circulating Tumor Cells as Blood-Based Biomarkers 灵敏度： 偱环肿瘤DNA：85% CA 15-3：59% 灵敏度： 偱环肿瘤DNA：90