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山羊PMEL基因生物信息学剖析 　　摘要：基于生物基因组学数据库，对山羊PMEL基因进行生物信息学分析，为研究该基因的功能提供依据。根据GenBank中山羊PMEL基因编码蛋白序列（GenBank登录号：XP_005680442.1），利用ExPASy数据库中的ProtParam、ProtScale程序分?e预测理化性质、疏水性；利用CBS Prediction Servers数据库中的SignalP、TMHMM、Protfun程序分别预测信号肽、跨膜区及其功能；利用Predict Protein、PSORT Ⅱ Prediction、Motif Scan软件分别预测二级结构、亚细胞定位、功能位点，并对不同物种PMEL基因构建系统发育树。结果表明：山羊PMEL基因共编码685个氨基酸，属可溶性不稳定蛋白，无信号肽，在接近肽链的C-端存在1个跨膜区；二级结构以无规卷曲为主，该蛋白主要在内质网中发挥运输、结合、信号转导作用；不同物种PMEL基因的系统进化情况与生物进化过程中的动物学分类相符。山羊PMEL基因编码蛋白在生物进化中具有较强保守性，该基因结构和功能的分析为山羊PMEL基因遗传特性的进一步研究奠定了基础。 　　关键词：PMEL；山羊；生物信息 　　中图分类号： Q785；S826.9+2文献标志码： 　　文章编号：1002-1302（2016）08-0047-04 　　前黑素小体蛋白（premelanosome protein，PMEL）别称gp100、ME20、PMEL17、silver[1]，由Sliver基因编码，只在皮肤黑色素细胞、眼色素层黑素细胞、视网膜色素上皮细胞中进行表达[2]。前黑素小体蛋白是一种黑色素瘤特异性糖蛋白，对黑素小体的发育具有重要作用，通过形成蛋白水解的纤维状矩阵从而使黑色素沉积[3]。人类PMEL基因编码蛋白是一种黑素细胞特异性糖蛋白[4-5]，该位点编码PMEL17蛋白，与小鼠的silver基因同源，编码的蛋白分子质量为70 ku，由668个氨基酸构成；此外，该基因还编码gp100蛋白，这2种蛋白质通过基因交替剪接成2个竞争性3′接受位点而产生，由于催化活性的不同，这2个位点可产生2种蛋白质[6]。在色素细胞中，黑素小体是一种专门用于合成、储存、转运黑素的细胞器，作为哺乳动物和其他脊椎动物的色素沉着来源[7]。PMEL作为黑素小体的一种结构蛋白，参与黑素小体由Ⅰ期到Ⅱ期的发育，这对后期黑素小体的形成及黑色素的沉积尤为重要。动物的被毛颜色是重要的质量性状和经济性状，PMEL基因是最优秀的稀释基因家族成员，该基因在鼠[8]、马[9]、牛[10]、猫[11]、鸡[12]等家养动物中的突变已被报道，这些突变均能使动物形成银色表型，并逐渐损伤动物的听觉和视觉功能。随着人们对自然风潮的崇尚，天然毛色羊绒和羊毛的选育、生产已有广泛的市场基础，但鲜有关于山羊PMEL基因结构和功能的相关研究。本研究在已有山羊PMEL基因编码蛋白序列的基础上，利用生物信息学方法对其理化性质、疏水性、信号肽、二级结构、亚细胞定位、功能位点及其功能进行预测，基于邻接法对不同物种PMEL基因进行系统发育分析，为后期研究山羊PMEL基因结构和功能对其突变的影响提供依据。 　　1材料与方法 　　1.2方法 　　1.2.1山羊PMEL基因开放阅读框的确定通过NCBI中的ORF finder确定山羊PMEL基因开放阅读框。 　　1.2.2山羊PMEL基因编码蛋白的生物信息学分析通过ExPASy数据库（http：///）提供的ProtParam在线程序预测该基因编码蛋白的氨基酸组成、等电点、正/负电荷残基数、原子总数、摩尔消光系数、半衰期、不稳定指数、脂肪族氨基酸指数、总平均亲水性等；通过ProtScale软件预测疏水性。通过CBS Prediction Servers数据库（http：//www.cbs.dtu.dk/services/）提供的SignalP 4.1 Server在线程序判断该基因编码蛋白是否存在信号肽；通过TMHMM Server v.2.0软件预测跨膜结构区域；通过Protfun 2.2 Server软件预测该基因编码蛋白的功能分类。通过Predict Protein软件（https：///）预测蛋白质的二级结构。通过PSORT Ⅱ Prediction软件（http：//psort.hgc.jp/form2.html）预测该蛋白在细胞内的具体存在位置。通过Motif Scan软件（http：//myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan）预测该基因的功能位点。 　　1.2.3不同物种PMEL基因的系统发育本研究通过Clustal W程序对16个物种PMEL基因编码蛋白