基因组的设计与工程化构建.PDFVIP

关键技术 Key Technology 基因组的设计与工程化构建 * 薛小莉 覃重军 中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所 中国科学院合成生物学重点实验室 上海 200032 摘要 合成生物学是利用工程化的思想来设计和构建新的生物基因组，是近年来的研究热点。近年来，对原核细 胞支原体天然小基因组进行从头合成并进一步设计与构建最小基因组，对原核模式生物大肠杆菌基因组的不断删 减及全基因组密码子简约化设计与人工合成测试，以及对真核模式生物酿酒酵母基因组人工设计与合成测试都取 得了很大成功，极大地促进了我们对生命的理解。我国的基因组的设计与工程化构建方面的研究虽然起步较晚， 但近年来取得了国际瞩目的成果。基因组的设计与构建为深入了解生命起源与进化，并为进一步构建具有强大应 用功能的新型生命体奠定了基础。 关键词 基因组设计，基因组删减，基因组合成，工程化构建 DOI 10.16418/j.issn.1000-3045.2018.11.008 生命的起源是什么？最原始的生命是怎样形成的？ 界上首个由化学合成基因组控制的原核生物支原体[1] 。在 人类能否创造生命？从古至今，科学家和哲学家们一直 此基础上，他们通过大量的设计与测试，构建了目前已 在不断探索并希望解决这些困惑。大量的微生物基因组 知的基因组最小的支原体[2] 。与国际合成生物学的迅猛发 序列的信息，以及各种组学的研究，包括基因组、转录 展相比，我国的合成生物学研究起步较晚。2011 年，我 组、蛋白质组、代谢组等，并由此构建出的调控网络和 国启动了 10 项合成生物学相关的“973”项目，极大促 代谢网络模型，促进了我们对生命的理解，也让我们意 进我国在人工生物体系的设计和合成，细胞生长功能群 识到生命系统的复杂性。然而，在这些复杂的调控网络 的模块化及可控运行，发展重构、编辑简小基因组，以 和代谢途径中，哪些是生存必需的呢？怎样设计和构建 及在底盘细胞上“即插即用”型地高效组装生物学模块 一个简约的生命体系呢？设计并构建简约基因组将为合 的合成生物学使能技术等方面的研究，并取得了较好的 成生物学和人造生命的研究提供一个重要的基础。 进展。我国科学家（主要是天津大学、清华大学和深圳 2010 年美国科学家 Venter 和他的科研团队发表了世 华大基因研究所的科学家）与美国等国家的科研机构共 *通讯作者 资助项目: 中国科学院战略性先导科技专项（XDB，国家自然科学基金委项目31770099） 修改稿收到日期：2018年10月26 日 院刊 1205 关键技术 同推动了“酵母基因组合成国际计划”，并于 2017 年完 测试，最后成功合成出了 531 kbp 且可存活的最小基因组 成了其中 [3-6] 的 [2] 4 条染色体的从头设计与全合成 ，这标志着 JCVI-syn3.0 。这个 3.0 版本比天然最小的 583 kbp 的 中国的基因组设计合成能力达到了国际水平。2018 年， 生殖道支原体基因组更小，生长却是更快，代时仅有后 中国科学院合成生物学重点实验室覃重军研究团队与合 者的 1/5 。这被认为是接近于最小基因组的版本了。 作者通过大胆假设驱动与合成生物学工程化的方法，将 这个成功的背后是超大量的设计、合成和测试工 酿酒酵母的 16 条染色体融合为 1 条，创建了国际上首例 作。首先，他们发现基于已有知识设计最小基因组是不 单条染色体的真核细胞[7] 。这一成果完全由中国科学家独