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甲壳动物免疫系统回路剖析 　　摘要：利用构建的甲壳动物免疫系统图，运用系统生物学方法对各免疫因子的相关关系进行探讨。将免疫系统图中重要的免疫因子抽象为节点，节点之间的边代表着因子之间的相关关系，则将整个免疫系统图抽象为一个充满节点的系统网络图。通过所构建的系统网络图，寻找了两个或多个因子之间的作用机制，以及各免疫路径之间的关系；利用建立的物理数学原理来揭示因子之间的免疫反应作用机制，解答免疫中的反应现象。揭示免疫刺激剂的免疫作用机理，促进整个免疫系统的免疫水平评价。 　　关键词：甲壳动物；免疫回路；图论；节点 　　随着水产养殖业的大规模发展，养殖过程中各种病毒和细菌对水产品产量的影响越来越严重；因此，对于怎样提高甲壳动物免疫力来抵抗病害是研究的重点。对各种免疫刺激剂如免疫多糖、中草药等的研究越来越多，例如Deng等[1]研究了从冬虫夏草菌丝体中提取的多糖类物质对于凡纳滨对虾生长、免疫和抗氧化能力的影响。但仅凭几个免疫相关酶的指标来直接判断甲壳动物的免疫能力，显然不全面。甲壳动物免疫包括多条路径，如包囊作用，吞噬作用等，并且各路径之间相互影响、相互作用，一条路径的变化不能衡量整个免疫系统的能力。然而对于免疫刺激剂的研究，大部分研究都是通过测免疫指标的变化来评价的，具体的作用机理尚不清楚；例如陈昌福等[2]研究了免疫多糖对南美白对虾免疫相关酶的激活作用。本文利用系统生物学的思想，将免疫系统网络图抽象为多节点图，利用图论的方法进行研究，并运用数学物理原理来揭示免疫因子之间或路径之间的作用机制，同时对于免疫刺激剂的免疫应答做出重要说明。 　　1甲壳动物免疫系统网络关系模型总图 　　甲壳动物免疫系统是一个内部相互联系、相互影响的复杂网络，其中包括多条免疫路径：如吞噬作用、包囊作用、修复作用等。由参考文献[3]得到甲壳动物免疫网络系统图（图1）。图中标示：代表反应物质，代表作用过程；代表杀死病原体；代表着反应流程或物质生成，代表促进作用，代表阻抑作用。 　　2图论分析 　　对于建立的全面的免疫系统图，运用图论的知识进行整理分析。1969年，Kauffman提出了著名的布尔网络（Boolean Network，BN）模型，用以研究基因调控网络和细胞分化过程[4-5]。借助于此类思想，通过构建网络模型来研究免疫调控网络。将甲壳动物免疫系统图抽象为一个免疫网络有向图，其中免疫网络中的物质及反应过程抽象为节点，免疫网络中节点之间的关系对应图中的边。图中的节点和边可以带有本身的属性，边分为有向或无向的，分别代表着生化反应或免疫作用关系[6]。 　　2.1节点的出入度统计与分析 　　到目前为止，甲壳免疫系统中主要免疫途径的物质及因子，可以确定下来的有51个，将其作为节点，与节点相关联的边数即为度数，输入的边数为入度，输出的边数为出度，入度与出度之和即为总度。各节点的名称及出入度统计，如表1。 　　聚糖结合蛋白（βGBP），脂多糖（LPS），脂多糖结合蛋白（LGBP），肽聚糖结合蛋白（PGBP），细胞粘附因子（76ku），乙二胺四乙酸（EDTA），过氧化氢酶（CAT），过氧化物酶（SOD），酚氧化酶原激活酶原（proPPA），酚氧化酶原激活酶（PPA），酚氧化酶原（proPO），酚氧化酶（PO），透明细胞（HC），半颗粒细胞（SGC），颗粒细胞（GC），过氧亚硝酸盐阴离子（ONOO-）。 　　对于各节点度的分布情况表（表1），对节点度的分布进行统计分析并绘制直方图（图2和图3）。可知节点入度为1的有16个，为0的有12个；同时出度为1的有30个，只有少数的节点的出度大于3。 　　构建的甲壳动物节点图中节点数N为51，因其不存在自连接的边和两节点间的相互边，则可能产生的最大边数为Emax=N（N-1），而在整个免疫网络节点图中实际的边E为86条。则E/Emax的结果为3.37%，由此得出，所建的甲壳动物免疫节点图是稀疏的。 　　对于出入度均为1的节点，在免疫路径中不可替换，属于具有唯一性的节点，此类节点一旦出问题，与此节点有关的网络通路将会失去作用。某一路径受阻，整个免疫系统就会受到一定程度的阻力。例如，当溶菌酶因各种因素失活的时候，整个溶菌酶杀菌系统就会切断，从而加重其他路径的压力。多个出、入度的节点，说明是免疫通路的交汇点，此类节点出现问题，就会影响多条通路，甚至引起免疫系统的瘫痪。脱颗粒作用、吞噬作用、包囊作用等免疫作用的出入度较高，属于比较关键的节点；proPO、PO等免疫因子的出入度也高，属于免疫系统调节的关键因子，在整个甲壳动物免疫系统中具有重要的作用。根据实验中的结论，PO确实在免疫过程中充当关键的免疫枢纽的位置。 　　所建甲壳动物免疫网络的度分布表现为幂律形式，幂律是指节点具有的连接线与该节点的乘积是一个定值