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甘蓝型油菜及其亲本种BAC末端重复序列剖析 　　摘要：以芸薹属的３个物种（甘蓝型油菜Ｂｒａｓｓｉｃａ ｎａｐｕｓ、白菜Ｂ． ｒａｐａ、甘蓝Ｂ． ｏｌｅｒａｃｅａ）的ＢＡＣ末端序列为研究对象，对其重复序列的组成和比例、ＧＣ含量做了初步的比较研究。３个物种中ＢＡＣ末端重复序列所占的比例分别是１８．９８％、１９．３７％和１９．４５％。３个物种的ＢＡＣ末端重复序列均可分为反转座子、转座子、小ＲＮＡ、微卫星、简单重复序列和低复杂度序列６种类型，其中反转座子所占比例最大，甘蓝型油菜ｒＤＮＡ的含量明显高于其他两个物种中该重复类型的含量。 　　关键词：甘蓝型油菜（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｎａｐｕｓ）；亲本种；ＢＡＣ末端；重复序列 　　中图分类号：Ｓ５６５．４ 文献标识码：Ａ 文章编号：0439－８114（２０11）19－4073-04 　　 　　ＢＡＣ Ｅｎｄ Repeat Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｂｒａｓｓｉｃａ ｎａｐｕｓ ａｎｄ Ｉｔｓ Ｐａｒｅｎｔａｌ Ｓｐｅｃｉｅｓ 　　 　　ＣＡＯ Ｒｕｉ，ＬＩ Ｒｕｉ－ｙｕａｎ，ＬＯＮＧ Ｙａｎ，ＭＥＮＧ Ｊｉｎ－ｌｉｎｇ 　　（Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｐｌａｎｔ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， Ｈｕａｚｈｏｎｇ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ， Ｗｕｈａｎ， ４３００７０， Ｃｈｉｎａ） 　　 　　Ａｂｓｔｒａｃｔ： Ｔｈｅ ｒｅｐｅａｔ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ’ ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ ａｎｄ ｐｒｏｐｏｒｔｉｏｎ， ＧＣ ｃｏｎｔｅｎｔ ｉｎ ＢＡＣ ｅｎｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｂｒａｓｓｉｃａ ｓｐｅｃｉｅｓ ａｎｄ ｉｔｓ ｐａｒｅｎｔａｌ ｓｐｅｃｉｅｓ Ｂｒａｓｓｉｃａ ｎａｐｕｓ， Ｂ． ｒａｐａ， Ｂ． ｏｌｅｒａｃｅａ ｗere ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅｌｙ ａｎａｌｙｚｅｄ． Ｔｈｅ ｐｒｏｐｏｒｔｉｏｎ ｏｆ BAC and ｒｅｐｅａｔ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｉｎ Ｂ． ｎａｐｕｓ， Ｂ． ｒａｐａ， Ｂ． ｏｌｅｒａｃｅａ ｗａｓ １８．９８％， １９．３７％， １９．４５％， ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ． Ｔｈｅ ｒｅｐｅａｔ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｉｎ ＢＡＣ ｅｎｄ ｏｆ ｔｈｅ ｔｈｒｅｅ ｓｐｅｃｉｅｓ ｃｏｕｌｄ ｂｅ ｃｌａｓｓｉｆｉｅｄ ｉｎｔｏ ６ ｔｙｐｅｓ of retrotransposon， transposon， miRNAs， microsatellite， simple sequence repeat and low complexity sequence， ａｍｏｎｇ ｗｈｉｃｈ ｒｅｔｒｏｔｒａｎｓｐｏｓｏｎ ｃｏｎｔｒｉｂｕｔｅｄ ｔｏ ｔｈｅ ｈｉｇｈｅｓｔ ｐｒｏｐｏｒｔｉｏｎ； ａｎｄ ｔｈｅ ｒａｔｉｏ ｏｆ ｒＤＮＡ ｉｎ Ｂ． ｎａｐｕｓ ｗａｓ ｍｕｃｈ ｈｉｇｈｅｒ ｔｈａｎ ｔｈａｔ ｉｎ ｔｈｅ ｏｔｈｅｒ ｔｗｏ ｓｐｅｃｉｅｓ． 　　Ｋｅｙ ｗｏｒｄｓ： Ｂｒａｓｓｉｃａ ｎａｐｕｓ； ｐａｒｅｎｔａｌ ｓｐｅｃｉｅｓ； ＢＡＣ ｅｎｄ； ｒｅｐｅａｔ ｓｅｑｕｅｎｃｅ 　　 　　１９３５年日本学者总结前人的实验结果，并在细胞学研究的基础上，提出了禹氏三角假说［１］，认为芸薹属栽培种包括３个二倍体基本种：白菜（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｒａｐａ，ＡＡ，２ｎ＝２０）、甘蓝（Ｂ． ｏｌｅｒａｃｅａ，ＣＣ，２ｎ＝１８）和黑芥（Ｂ． ｎｉｇｒａ，ＢＢ，２ｎ＝１６），以及３个四倍体复合种：甘蓝型油菜（Ｂ． ｎａｐｕｓ，ＡＡＣＣ，２ｎ＝３８）、芥菜型油菜（Ｂ． ｊｕｎｃｅａ，ＡＡＢＢ，２ｎ＝３６）和埃塞俄比亚芥（Ｂ． ｃａｒｉｎａｔａ，ＢＢＣＣ，２ｎ＝３４），其种间关系如图１所示： 　　尽管前人对甘蓝型油菜、白菜和甘蓝３个物种的基因组进行了许多基于细胞学、遗传学的比较分析，但由于基因组测序成本的限制，很少有直接大规模利用３个基因组的序列进行比较生物学分析的报道。细菌人工染色体（Ｂａｃｔｅｒｉａｌ ａｒｔｉｆｉｃｉａｌ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓ，ＢＡＣ）文库的构建对于基因组的测序起着至关重要的作用。ＢＡＣ克隆载体一般可以插入１００～３００ ｋｂ的外源基因组片段［２］。对每个插入的外源基因组序列进行末端测序可得ＢＡＣ末端序列，每个末端序列的长度约为５００ ｂｐ。本研究利用甘蓝型油菜及其亲本种白菜和甘蓝的ＢＡＣ末端序列，对其所含重复序列的组成和比例、ＧＣ含量进行了初步的比较。 　　１材料与方法 　　１．１３个物种ＢＡＣ末端序列信息来源及概况 　　甘蓝型油菜的ＢＡＣ末端序列主要来源于中英合作测序项目（ＢＢＳＲＣ－ｆｕｎｄｅｄ ＵＫ－Ｃｈｉｎａ），所测的品种是Ｂｒａｓ