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谷子蔗糖合成酶基因家族鉴定及生物信息学剖析 　　摘要：蔗糖合成酶（sucrose synthase，SuS）是蔗糖代谢的关键酶，在植物的代谢反应中起重要作用。以谷子基因组数据库为平台，借用生物信息学手段对谷子SiSuS基因家族进行挖掘和分析。结果表明，谷子的SiSuS基因家族包括9个基因，它们不均匀地分布在5条染色体上。该家族氨基酸序列长度为809～1 088 aa，外显子数目为10～16个，大多数蛋白质为弱酸性。谷子SiSuS的氨基酸序列具有9个保守基序；进化树分析结果表明，谷子、水稻、高粱SiSuS蛋白聚在一起。 　　关键词：谷子；蔗糖合成酶；SiSuS基因；生物信息学分析；蛋白结构 　　中图分类号： S515.01文献标志码： A 　　文章编号：1002-1302（2017）15-0030-04 　　蔗糖合成酶（sucrose synthase，SuS）作为植物蔗糖代?x的重要酶之一，对植物的生长具有重要作用。蔗糖合成酶能够参与蔗糖的代谢和调控蔗糖的输入，影响细胞分化与纤维壁的形成，调节淀粉的合成，对作物产量和品质调控都有重要的意义[1]。蔗糖合成酶基因广泛存在于高等植物中，目前已经从马铃薯、胡萝卜、玉米、柑橘等大量植物中获得SuS基因[2]。大量研究显示，SuS是一个小的基因家族，在大多数植物中至少含有3个SuS基因，拟南芥、莴苣、橡树均含有6个SuS基因[3-5]，玉米中至少有5个SuS基因，水稻中已经发现[JP3]9个SuS基因[6]，烟草中发现14个SuS基因[7]，但是对谷子SuS基因的研究尚未见报道，因此，本研究以谷子为对象进行分析。 　　谷子（Setaria italica）作为我国传统粮食作物，种植面积广，同时营养价值高，有“百谷之长”的美誉[8]。谷子基因组小且为二倍体，与水稻、高粱、玉米共线性高，是禾本科基因组研究的模式植物之一，也是研究C4植物的模式植物。目前谷子的全基因组测序已经完成，这为谷子分子生物学研究奠定了良好的基础。本研究利用生物信息学相关技术鉴定谷子SuS基因家族，并对该家族序列及蛋白系统进行比较分析，对了解SiSuS基因家族在谷子蔗糖代谢中的作用具有非常重要的意义。 　　1材料与方法 　　1.1谷子SuS基因的鉴定及序列分析 　　首先在Pfam数据库（http：///）[9]中下载SuS家族的隐马氏模型文件（Pfam号码：PF00862），从Gramene（http：///）中输入Pfam号码进行相似性搜索，找到与谷子相关基因的ID及其蛋白序列，进行重复性比对，除去重复项和冗余，得到无重复的基因、转录本、蛋白ID以及蛋白序列和外显子数量，共得到9条蛋白并命名为SiSuS1～SiSuS9。 　　利用SMART网站（http：//smart.embl-heidelberg.de/）和CDD（http：///Structure/cdd/wrpsb.cgi）网站[10-11]对蛋白的结构域进行检测。在ProtParam网站（http：//web.expasy. org/protparam/）对谷子SiSuS蛋白的相关信息（分子量、氨基酸数目、等电点）进行分析[12]。 　　1.2染色体定位 　　结合谷子基因组数据库中的信息，从Ensembl Plants（http：//plants. /Setaria_italica/Info/Index）中查询谷子染色体的长度，使用Adobe illustrator CS5软件绘制基因在染色体上的相对位置。 　　1.3SiSuS基因家族蛋白的绘制 　　分析蛋白质结构域的位置，使用PROSITE在线网站（http：///）[13]分析9个SiSuS蛋白序列，得出每个蛋白相应的蔗糖合成酶结构域、糖基转移酶（glycosyltransferase）结构域、蔗糖磷酸合成酶（sucrose-phosphate synthase）结构域的位置。 　　[HTK]1.4SiSuS基因家族进化树的绘制及内含子、外显子的结构分析[HT] 　　利用Clustal X[14]对比所得到的SiSuS蛋白序列并下载分析结果。使用MEGA 6.0软件采用邻接法（NJ法）绘制进化树，Bootstrap设置为1 000。将Fasta格式的谷子SiSuS基因编码的核苷酸序列和相应的全核苷酸序列，通过GSD软件[15]绘制谷子SiSuS基因的内含子和外显子的结构模式图。 　　1.5谷子SiSuS基因编码的序列分析及模体分布 　　利用MEME（http：///meme/cgibin/meme.cgi）[16]将Fasta格式的谷子SiSuS基因编码的氨基酸序列进行序列分析及保守性基序分布，设定序列长度范围为20～300 aa。 　　1.6谷子、高粱和水稻Su