cDNA测序和表达谱演示文稿.pptVIP

cDNA测序和表达谱研究;一、cDNA测序;UniGene： 为了弄清EST间的关系，美国国立生物技术信息中心(NCBl)根据EST相似性比较进行聚类分析，形成数据库UniGene (／UniGene) 当前cDNA测序的趋势: 由对EST的随机测序， 转向全长cDNA的克隆和测序。;全长cDNA; ;(一)大规模EST测序流程;;1. cDNA文库构建;(1)oligo-dT引物定向克隆cDNA文库;(2)CapFinder-PCR/oligo-PCR文库;(3)均一化cDNA文库;(4)减式cDNA文库;2．EST测序;②PCR扩增产物测序： 已为多数基因中心所接受， PCR模板：cDNA文库所转化的菌落、细菌裂解液或抽提的质粒； PCR扩增产物：经适当处理如纯化或酶处理等，即可进行测序。 ②与①比较：费用较为便宜，使用人员也较少，但由于文库中插入子大小不一，可能会导致PCR结果不稳定。 模板制备的质量控制： 极其重要，影响测序成功率的重要因素，各个环节均要质控。 大规模EST测序所用模板制备多采取流水线作业方式，有条件者，可实现自动化。;大规模EST测序;5‘端测序。 优点: 常规cDNA文库所获克隆较少含有5’端非编码区，而多在ORF内，5‘端测序的结果较容易判断是否新基因。 缺点: