代表性海区好氧不产氧光合细菌的光合基因(pufM)生态分布特征-环境科学专业论文.docx

目 录 中文摘要 英文摘要 第一章 前言……………………………………………………………..…..…1 1.1 好氧不产氧光合细菌的研究进展………………………..…….….1 1.2 海洋环境微生物遗传多样性的研究方法…………………..…13 1.3 本论文的研究思路、意义及内容23 第二章 材料与方法……………………………………………………….….26 2.1 材料……..………………..……………………..……...….…………..…26 2.2 基本方法……….………………………………………………….…31 第三章 代表性海区 AAPB 光合基因多样性分析……….……...….….38 3.1 代表性海区表层海水 AAPB 光合基因多样性分…………………38 3.1.1 台湾海峡厦门站位（XM）AAPB 光合基因多样性分析…………………38 3.1.2 东海表层（ECS-P6-s 站位）AAPB 光合基因多样性分析….…………40 3.1.3 北太平洋 Gyre（NPG-w24 和 NPG-w26 站位）AAPB 光合基因多样性分 析 43 3.1.4 东北太平洋（NPO-pf1 站位）AAPB 光合基因多样性分析 43 3.1.5 白令海（BS-br02 站位）AAPB 光合基因多样性分析……………….45. 3.1.6 讨论…………………………………………………………………….48 3.2 东海垂直剖面（ECS-P6 站位）透光度对 AAPB 光合基因多样性 的影响分析...…………..………………………………….……….….49 3.2.1 东海 50％透光层（ECS-P6-8m）AAPB 光合基因多样性分 析.……………………………………………………………..………49 3.2.2 东海 30％透光层（ECS-P 6-14m）AAPB 光合基因多样性分 析……………………...……….….…………….………………….…51 3.2.3 东海 30％透光层（ECS-P 6-35m）AAPB 光合基因多样性分 析……………………...……….….…………….………………….…51 3.2.4 透光度对 AAPB 光合基因多样性的影响分析……………………..…54 3.3 海区环境对 AAPB 光合基因各类群的分布及进化的影响…56 不同海区环境中属于 α-3 Protebacteria AAPB 的 pufM 基因分布特 征……………………………………………………………………...56 不同海区环境中属于α-4 Protebacteria AAPB 的pufM 基因分布特 征59 在有氧海区大量类似属于 γ-Proteobateria AAPB 的 pufM 基因的发 现 61 3.4 小结与讨论68 HYPERLINK \l _TOC_250001 第四章 实时荧光定量 PCR 定量海洋中 AAPB 的丰度 69 HYPERLINK \l _TOC_250000 4.1 实时荧光定量 PCR 定量海洋环境中 AAPB 的丰度的意义 69 4.2 实时荧光定量 PCR 结果分析 70 4.2.1 环境样品DNA的得率 70 4.2.2 实时定量PCR扩增的特异性 71 4.2.3 标准曲线和qPCR的灵敏性 72 4.2.4 熔链曲线的分析73 4.2.5 pufM基因克隆文库的多样性分析 74 4.2.6 qPCR定量海洋环境中的AAPB丰度 76 4.3 讨论80 第五章 结论与展望81 5.1 结论81 5.2 展望82 参考文献88 硕士期间完成的论文89 致谢90 CONTENTS Chinese abstract……………………..……………………………………...….VI English abstract………………..…………………………………………….VIII 1. Foreword……………………………………………………………..……..…1 The proceedings of Aerobic Anoxygenic Phototrophic Bacteria…………………………………………………………………1 Development of the methods and techniques of marine environmental microbiology…..…………………………………. 13 Design, purpose and contents of this thesis 23 2. Materials and methods……………………..………………………….….26 2.1 Materials…..……………..…………………