基因组尺度的系统生物学算法在代谢工程中的应用.docVIP

 基因组尺度的系统生物学算法在代谢工程 中的应用# 刘红蕾，汪小我** 5 10 15 20 25 30 （清华大学自动化系，清华信息科学与技术国家实验室生物信息学研究部，合成与系统生物 学研究中心，北京 100084） 摘要：随着基因组尺度代谢网络重构和高通量实验技术的发展，出现了越来越多的从整体和 系统的角度分析并优化代谢网络的方法。本文将对近年来基因组尺度代谢网络的重构和代谢 网络中常用分析方法进行回顾，并总结代谢工程中以优化目标产物为目的的系统生物学算 法。本文还介绍了几种在代谢网络模型分析和优化中常用的数据库和软件，通过列举各算法 在实际代谢工程中的应用实例，对目前该领域的难题和未来的研究方向进行讨论。 关键词：代谢工程；代谢网络模型；网络优化；代谢模型重构 中图分类号：Q78 Application of genome-scale system methods for metabolic engineering Liu Honglei, Wang Xiaowo (MOE Key Laboratory of Bioinformatics and Bioinformatics Division,Center for Synthetic and Systems Biology,Tsinghua National Laboratory for Informatics an