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第 38卷 第 3期 北 京 工 业 大 学 学 报 Vo1．38 NO．3 2012年 3月 JOURNALOF BEIJING UNIVERSITY OFTECHNOLOGY Mar．2012 DFT和 ABEEM 方法研究HIV一1PR 活化位点的化学性质 丁艳丽 ， 杨忠志。 (1．沈阳化工大学 数理系，沈阳 110142；2 辽宁师范大学 化学化工学院，大连 1l6029) 摘 要 ：应用密度泛函理论计算并研究了HIV—lPR活化位点的硬度 、软度 、化学势和 电负性，分析 了酶一水络合 物、酶一抑制剂络合物及酶一抑制剂一水络合物 的性质．在密度泛函方法研究的基础上 ，应用原子一键 电负性均衡方 法 (ABEEM)计算研究了活化位点的电荷分布和Fukui函数值 ，分析了活化位点的化学性质，本研究也支持HIV～1 PR的水解反应应有水分子的参与． 关键词 ：DFT理论 ；原子一键电负性均衡方法 ；HIV一1PR；活化位点；化学性质 中图分类号 ：0641．12 文献标志码 ：A 文章编号 ：0254—0037(2012)03—0450—06 CharacteristicsoftheActiveSiteoftheHIV．1 PR in TermsofDFT andABEEM DING Yan—li．YANG Zhong-zhi。 (1．DepartmentofMathematicsandPhysics，ShenyangUniversityofChemicalTechnology，Shenyang110142，China 2．CollegeofChemistryandChemicalEngineering，LiaoningNormalUniversity，Dalian116029，China) Abstract：Hardness，softness，chemicalpotentialandelectronegativityontheactivesiteoftheHIV一1PR arecalculatedbytheDFTtheory．Thepropertiesoftheenzyme—watercomplex，enzyme—inhibitorcomp|ex andenzyme—inhibitor—watercomplexareanalyzed．Basedonthis．chargedistributionandFukuifunction arecalculatedintermsofABEEM．Characteristicsoftheactivesiteisanalyzed in detail．Ourresearch showsthatthewatershouldbeinvolvedintheHIV一1PR hydrolysisreaction． Keywords：DFT；ABEEM ；HIV一1PR；activesite；chemicalproperties HIV一1蛋白酶属于天 门冬氨酸酶家族 ，以二聚 残基．确定活化位点的质子化状态可以帮助设计新 体形式发挥作用…．蛋 白酶抑制剂就是通过抑制蛋 型抑制剂。 白酶的活性 ，致使被感染 的细胞中产生出不成熟的、 l 理论基础 不具有感染性 的病毒颗粒 ，从而使病毒不能正常装 配，达到抑制 HIV的 目的，这就是构造蛋 白酶抑制 1．1 模型体 系和计算方法 剂 的理论基础．因此 ，HIV一1PR成为治疗艾滋病的 模型分子的结构选用蛋 白质晶体结构数据库中 主要研究 目标之一 。．酶和抑制剂之间的相互作 酶和抑 制 剂 (15—85548e)的络合 物 (PDB code 用强烈地依赖活化位