地黄microRNAs和靶基因生物信息学预测和验证.PDFVIP

地黄 microRNAs 和靶基因的生物信息学预测及验证 1, 2 2 1* 2* 赵春丽 ，李先恩 ，都晓伟 ，孙 鹏 1. 黑龙江中医药大学，黑龙江 哈尔滨 150040 2. 中国医学科学院 北京协和医学院 药用植物研究所，北京 100193 摘 要：目的 microRNAs （miRNA ）是一类非编码的单链小分子RNA ，在植物的生长发育、逆境适应和代谢调控等过程中 发挥着至关重要的作用。本研究拟利用地黄 EST 数据通过生物信息学手段预测新的地黄 miRNA ，为今后地黄 miRNA 的生 物学研究奠定基础。方法 本研究根据 miRNA 家族在不同物种中的保守性，将 miRBase 数据库中的已知植物 miRNA 与通 过高通量测序获得的 93172 条地黄 EST 序列进行同源比对，按照 miRNA 前体应具备的标准进行筛选。结果 预测到分属于 8 个家族的 8 条潜在地黄 miRNA 序列，并通过实时荧光定量 PCR 对 8 条预测的 miRNA 进行了检测，证实 8 条 miRNA 在 地黄中真实存在。随后利用软件对 8 条地黄 miRNA 的靶基因进行预测，发现其靶基因主要编码与地黄生长发育、代谢以及 胁迫响应等过程相关的蛋白。结论 新预测的地黄 miRNA 及其靶基因为今后研究它们在地黄中的生物学功能奠定了基础。 关键词：地黄；microRNA ；靶基因；生物信息学；PCR 检测 中图分类号：R282.12 文献标志码：A 文章编号：0253 - 2670(2014)08 - 0 - 07 DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2014.08. Bioinformatic prediction and validation of conserved microRNAs and their target genes in Rehmannia glutinosa 1, 2 2 1 2 ZHAO Chun-li , LI Xian-en , DU Xiao-wei , SUN Peng 1. Heilongjiang University of Chinese Medicine, Harbin 150040, China 2. Chinese Academy of Medical Sciences, Peking Union Medical College, Institute of Medicinal Plant, Beijing 100193, China Abstract: Objective MicroRNAs (miRNA) are a class of small non-coding RNA molecules, playing vital roles in plant growth and development, stress adaption, and metabolic pathway regulation. In order to establish the material basis for future studies on the biological function of miRNAs, we aimed to predict novel miRNAs from EST sequences of Rehmannia glutinosa by using bioinformatic strategies. Methods Since most of the plant miRNAs were conserved in plant species, all plant miRNAs deposited in miRNase were aligned to the 93 172 EST sequences generated by next generation high-throughput RNA sequencing technology and the putative miRNA precursors were screened according to serious criteria. R