蛋白质空间结构预测的一种优化模型跟算法新.pdfVIP

维普资讯 20(}0年 12 应用数学与计算数学学报 第 l4卷 第 2期 Dec．．2000 COM M ．oN APPJ_MATH．AND COMPUT Vol_14 No．2 蛋 白质空间结构预测 的一种优化模型及算法 靳利 霞 唐 焕文 大连理工大学管理科学与丁程研 究所，大连， 116023) 摘要 用理论方法预测蛋 白质结构有两个 唯点，第一是要有 一个合理 的势 函数，第 二是要有 。个有效的寻优方法找到势 函数的全 局极小 点．本 文采用联合残基力场 建立 了 蛋 白质空 间结构预测模 型，然后用我们给 出的一种改进模拟退 火算法搜 索势函数的全局 极 小点，对脑啡肽 的空间结构进行 了预测和 分析． 关键词：蛋 白质，结构预测，优化摸型，联合践基力场，摸椒退失算法． 1．引 言 当今分子生物学中最具挑战性 的一个 问题是蛋 白质分子空间结构与功能的研究． 三联密码 的破译使人们掌握了遗传信息从 DNA到氨基酸序列的复制规律，然而仅有 氨基酸序列是不够的，氨基酸序列还必须形成一定的空间结构，才真正完成了蛋 白质 的合成，也才能行使其特定的生物功能 ．氨基酸序列又称为多肽链，也称蛋 白质 的 一 级结构，仅人类基因组所编码的氨基酸序列就有 10万条左 右，每一条氨基酸序列都 对应着 唯一的一种蛋白质空间结构 (也称 多肽链的构象)，到 目前为止，已知空 间结构 的蛋 白质只有 4000个左右 J．x射线晶体衍射技术和多维核磁共振 方法是 目前测 定 蛋 白质空间结构 的主要方法，然而实验方法不仅耗资耗时，还受到实验条件的限制， 利用数学方法和计算机技术预测蛋 白质结构具有十分重要的意义．同时蛋 白质结构预 测对 于全新蛋 白质分子设计、药物分子设计 生物和化学催化剂 、光能 一化学 能 一动 能的转换、生物传感器、以及环境科学等许 多领域都有深远 的意义 3【】．从氨基酸序列 到蛋 白质三 维结构 的编码 关系，被称为第二遗传密码，列为二十一世纪生物学的首要 任务 _4l．随着人类基 因组计划 的即将完成，这一问题的解决显得尤为重要． 五十年代末 Alffinsen提出蛋 白质一级结构完全决定其空间结构的著名论断，并因 此获得诺贝尔奖，从此揭开 了理论预测蛋 白质结构的序幕．四十年来，科学家们不断 奋斗取得 了大量研究成果 [6,TI，但是这一 问题并没有得到最终解决，其原因主要有两 个 J：第一， 蛋‘白质的天然结构是能量最低的结构’是理论预测蛋 白质结构的热 力学基础，如何找到一个能正确反映蛋 白质结构和能量关系的势 函数 (力场)一直是 这一领域科学家们探索的 目标之一．一般采用经验势函数来近似表示，经验势函数主 要有两大类：分子力场 (全原子力场)和平均势函数 (平均力场)_1j_全原子力场力图完 全考虑蛋 白质分子中所有的原子，是一种 比较精细的表达方式．平均力场则对全原子 力场进行 了合理的简化，例如将某些原子当作一个基团来考虑，从而减 少了 自由度， 能够计算分子量更大的蛋 白质或氨基酸片段．第二，在建立 了一个力场后，需要有一 本文 2000年 4月 29 日收到 维普资讯 应用数学与计算数学学报 种有效 的优化算法来解决这一 问题，并验证力场 的有效性．缺少一种有 效的全局优化 算法是阻碍蛋 白质结构预测 问题解决的重要原因 ．由于蛋 白质是一种强柔性 的大分 子体系，其势函数表达式极其复杂，存在极多局部极小点．据估计， ．Ⅳ个残基 的氨基 酸序列、其局部极小点在 10 以上 【，而迄今发现 的蛋白质 中肽链平均含 300-500个 氨基酸残基 【，所 以有效解全局优化 问题在 蛋 白质结构预测中是一个关键．几十年 来，人们提出了多种方法，如树搜索、 MonteCarlo、模拟退火、遗传算法、光滑方法 等 [9,10,23】．通常的做法