微生物的进化、系统发育和分类鉴定.pptVIP

 b）提出了一种全新的正确衡量生物间系统发育关系的方法； c）对探索生命起源及原始生命的发育进程提供了线索和理论依据； d）突破了细菌分类仅靠形态学和生理生化特性的限制，建立了全 新的分类理论； e）为微生物生物多样性和微生物生态学研究建立了全新的研究理 论和研究方法，特别是不经培养直接对生态环境中的微生物进 行研究。 “Taxonomists counts suggest that insects dominate the diversity game, but new analyses reveal that microbes are the real winners.” （参见P372） 不可培养微生物（uncultured microorganisms） 从环境中直接分离并克隆rRNA并分析其序列和在分子进化树 上的位置等方法而发现的的目前尚不能在人工条件下获得培养的微 生物。 参见P372：不可培养的微生物与生物多样性 3）三（界)域生物的主要特征 三界理论虽然是根据16SrRNA序列的比较提出的， 但其他特征的比较研究结果也在一定程度上支持 了三界生物的划分。 具体内容自学！ （参见P319） 随着越来越多的微生物的全基因组序列的测定，人们发现 生物在进化中存在着非常广泛的水平基因转移现象，很多 科学家都认为不能仅靠对16SrRNA的序列比较来确定生物 之间的亲缘关系，还必须借助各种信息对这个进化树进行 改进。 Carl Woose的rRNA进化树完美无缺？ 人类基因组中的细菌基因？ 一项新的研究指出，在我们体内的每个细胞中有40个左右的细菌基因，而不是 早先报告的113到233个。这个由细菌到人类寄主的所谓的“横向转移(lateral transfer)”给进化生物学带来了极大的问题，它可能意味着直到现在细菌可能一 直在为其自身利益操纵着人类的基因组。 Steven L. Salzberg和他的同事们与过去的研究人员一样，将人类基因组和已经测 序的真核细菌基因组做比较，来识别同时在人类和细菌中出现的“细菌到脊椎动 物转移”的基因(bacteria to vertebrate transfers,简称BVTs)。Salzberg的小组分析的 数据包括了塞莱拉的基因组序列和过去没有被分析过的寄生物谱系的蛋白，但 他们排除了在序列还没有完全测出的真核细菌中有变异的基因。 他们的结果建议，许多共有的基因在其他真核细菌中丢失了，在进化率不同的生 物体中有变化，采样大小的不同对结果也有影响。在一篇相关的研究评述中， JanO. Andersson和Camilla L. Nesbo进一步讨论了这些发现。 报告：Microbial Genes in the Human Genome: Lateral Transfer or Gene Loss?, by Steven L. Salzberg, et al. 研究评述：Are There Bugs in Our Genome?, by Jan O. Andersson and Camilla L. Nesbo 2001年5月18日 美国《科学》周刊292卷 第5520期 涉及水平基因转移（horizontal gene transfer）的文献大量增加 第二节 细菌分类 分类是认识客观事物的一种基本方法。我们要认识、 研究和利用各种微生物资源也必须对它们进行分类。 分类(classification)：根据一定的原则(表型特征相似性或系统发育 相关性)对微生物进行分群归类，根据相似性或相关性水平排列成 系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未被分类的 微生物进行鉴定； (根据现有数据建立系统的过程) 分类学涉及三个相互依存又有区别的组成部分： 鉴定 分类、 命名、 （参见P320） 命名(nomenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个专有 的名称； (分类系统建立过程中的步骤之一) 鉴定(identification或determination)：借助于现有的微生物分类 系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未明确分类 地位的微生物所应归属分类群的过程。 (根据现有系统确定未知微生物分类归属的过程) 主要以细菌为例介绍微生物分类、命名和鉴定的有关知识 一、分类单元及其等级 界 门 纲 目 科 属 种 （参见P321） 根据Carl Woese的 理论，现在还在界 之上使用域(domain) （把全部生物先分为 古生菌域、细菌域和 真核生物域， 域下面再分界。） （参见P321） 常用的细菌分类学术语： 1）培养物(culture)：一定时间一定空间内微生物的细胞群