POPGENE中文使用说明.pdfVIP

PopGene 使用说明 翻译by ：一路忘了哭 用户快速指导 POPGENE 版本1.32 物种遗传分析--基于微软windows 的免费软件 翻译by ：一路忘了哭 2008 年10 月24 日 星期五 1 PopGene 使用说明 翻译by ：一路忘了哭 一、POPGENE 窗口概览 该软件由C++语言书写。 POPGENE 窗口计算环境有两种类型：Data display windows （数据显示窗 口）和 Dialog boxes （对话框）. 其窗口菜单包含八部分： File ：用于建立新的数据文件或打开存在的文件 Edit ：用于从其他窗口修改和复制文本 Search：寻找或取代选择的文本 Co-Dominant:用于通过用co-dominant 标志去调用物种遗传分析 Dominant ：用于通过用dominant 标志去调用物种遗传分析 Quantitative：用于通过用量化特征去调用物种遗传分析 Window ：用于布置、选择和控制窗口分布 Help ：帮助，告诉你如何使用该软件 在菜单栏下面有工具栏，可以快速容易的使用窗口的特色部分。 底部有状态栏，它提供的信息包括光标位置和输入数据大小。 二、POPGENE 计算程序窗口概览 POPGENE/Co-Dominant 和Dominant markers 两个对话框：Haploid Data Analysis 和 Diploid Data Analysis 。 每个对话框里有3 个等级的Hierarchical Structure：Single Populations, Groups 和Multiple populations 。 Single Locus 和 Multilocus 遗传参数的评定通过选择一个或多个Hierarchical Structure 核对 框实现的。 HAPLOID DATA ANALYSIS Gene Frequency: 从原始数据中判断每个locus 的基因频率 Allele Number:计数非零频率等位基因的数量 2 PopGene 使用说明 翻译by ：一路忘了哭 Effective Allele Number:评价彼此的结合性 Polymorphic Loci: 不管等位基因频率，所有多种组合形态位置的百分比 Gene Diversity：判断Nei’s (1973)基因多样性 Shannon Index: 判断Shannon 信息指数，以此作为基因多样性的程度 2 Homogeneity Test: 构建双向相依表和进行(χ )和相似率(G2)测试 F-Statistics:为Groups 或Multiple Populations 判断 Nei’s (1973) GST ，以及GST 和 GCS Gene Flow: 从GST 或FST 中的判断中来进一步判断基因流 Genetic Distance: 判断Nei’s (1972)遗传特性和遗传距离以及不偏遗传特性和遗 传距离 Dendrogram:用 UPGMA 做基于Nei’s 遗传距离的树形图 Neutrality Test:用Manly 提出的算法，为临界稳定执行 Ewens-Watterson 测试 2 Two-locus LD: 判断loci 和 χ 测试之间的gametic disequilibria Brown:计算观察的和预想的K 的m