试验八甾体化合物的三维定量构效关系比较分子场分析Experiment.doc

PAGE \* MERGEFORMAT 8 实验八 甾体化合物的三维定量构效关系—比较分子场分析 Experiment 8. 3D-QSAR: Comparative Molecular Field Analysis (CoMFA) of Steroids 8.1目的要求 Purpose （1）了解定量构效关系的种类及方法。 （2）掌握比较分子场分析（CoMFA）方法的基本原理及计算步骤。 （3）深入理解所得构效关系结果并能根据计算结果设计新化合物。 （4）本实验5学时。 8.2背景介绍 Background Information 8.2.1定量构效关系方法及种类 定量构效关系（quantitative structure-activity relationships, QSAR）分析是指利用理论计算和统计分析工具来研究系列化合物结构（包括二维分子结构、三维分子结构和电子结构）与其生物效应（如药物的活性、毒性、药效学性质、药物代谢动力学参数等）之间的定量关系，它是药物研究中的一种重要理论计算方法和常用手段。 定量构效关系可分成两类：二维定量构效关系（2D-QSAR）和三维定量构效关系（3D-QSAR）。传统的二维定量构效关系方法很多，有Hansch法[1]、模式识别Free-Wilson法[2]、电子拓扑法[3]等，其中最为著名、应用最为广泛的是Hansch法，它假设同系列化合物某些生物活性的变化是和它们的某些可测量的物理化学性质的变化相联系的。这些可测量的特性，包括疏水性、电性、空间立体性质等，用相应的分子参数来表示，通过定量方式来回归其与活性的相关性。三维定量构效关系则考虑了生物活性分子三维构象性质，在QSAR分析中引入了与生物活性分子三维结构相关的量作为变元（descriptor），与2D-QSAR方法相比，能够更为精确地反映生物活性分子与受体之间的非键相互作用特征，从而更深刻地揭示药物-受体相互作用机理。最典型的三维定量构效关系方法包括分子形状分析（molecular shape analysis, MSA）[4]，距离几何法（distance geometry, DG）[5]和比较分子场分析（comparative molecular field analysis, CoMFA）[6]，其中CoMFA是目前最成熟且应用最广泛的方法。 本实验主要应用CoMFA方法对21个甾体化合物进行三维定量构效关系研究。 8.2.2甾体激素 甾体激素[7]以极低的浓度（0.1~1.0 nmol / L）存在于体内，与靶细胞内特定受体结合后，引发相应的激素效应。甾体（steroids）母核是由A、B、C、D四个环两两相邻并合而形成的环戊烷并多氢菲结构，含17个骨架碳原子。其中A/B、B/C和C/D分别在C5/C10、C8/C9和C13/C14处并环。天然甾体化合物的C10和C13上可带有甲基，C17上可连接侧链。 8.3实验原理 Experimental Principles 配体分子与受体之间的可逆相互作用主要是通过非共价结合，如范德华相互作用、静电相互作用、氢键相互作用和疏水相互作用而实现的。作用于同一受体相同作用位点的一系列配体分子，它们与受体之间的各种作用力场应该具有一定的相似性。这样，在不了解受体三维结构的情况下，研究这些配体分子周围的力场分布，并把它们与配体的活性数据定量地联系起来，既可以推测受体活性位点的某些性质，又可以依此建立一个定量模型设计新化合物，并定量地预测化合物的活性，这便是CoMFA的物理基础。 CoMFA计算可以大致分为以下四个步骤（见图8-1）： 确定研究体系各个化合物的药效构象，根据合理的重叠规则，把它们重叠在一个包含全部化合物分子的空间网格上。 计算化合物周围各种作用力场的空间分布。根据研究对象及生物活性特征，选择合适的探针原子或基团，计算探针原子或基团在每个空间网格点上与各个药物分子的相互作用能（一般为静电场和立体场，有时也包括疏水场和氢键场）。它们和各化合物的生物活性构成CoMFA的QSAR表。 把步骤（2）计算得到的分子场能数值作为自变量，把分子的活性作为因变量，通过偏最小二乘（PLS）方法结合交叉验证来确定最佳主成分；基于最佳主成分，采用PLS建立化合物活性和分子场特征之间的关系，确定CoMFA方程。 做CoMFA系数图，从系数图上可以清楚地看到哪些地方的力场分布强弱对生物活性产生影响，据此可以设计新化合物。 Figure 8-1. Procedures of comparative molecular field analysis 8.4实验操作 Experimental Procedures 8.4.1 CoMFA计算软件 本实验中CoMFA计算主要采用Tripos公司的SYBYL