基因组断点标本字符串提取算法-计算机软件与理论专业论文.docxVIP

原创性声明和关于论文使用授权的说明原创性声明 原创性声明和关于论文使用授权的说明 原创性声明 本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独 立进行研究所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外，本论文不 包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的科研成果。对本文的研 究做出重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本声明 的法律责任由本人承担。 论文作者签名：善拙幻 日期：兰型丝皇垒! 关于学位论文使用授权的声明 本人完全了解山东大学有关保留、使用学位论文的规定，同意学 校保留或向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论 文被查阅和借阅；本人授权山东大学可以将本学位论文的全部或部分 内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或其他复制手段 保存论文和汇编本学位论文。 (保密论文在解密后应遵守此规定) 论文作者签名：童出师签名：燃日 期：兰咝厂 i iw ? ? 、， 山东大学硕士学位论文目 山东大学硕士学位论文 目 录 摘 要 ! I ABSTRACT ．Ⅲ 第l章绪论 ．1 1．1研究背景及意义 ．1 1．2研究现状 ．1 1．3主要研究内容 3 1．4本文的组织结构 ．3 第2章基因组断点标本与断点标本距离 ．5 2．1断点标本距离问题简介 ．5 2．2在基因可重复2次、同一基因家族的连线最多有两条的基因组中寻找O距 离断点标本等价于2．合取范式可满足问题 9 2．3小结 11 第3章一个寻找0距离断点标本的求解算法 12 3．1基因家族的配对 12 3．2相互配对的两个基因家族的分解 14 3．3删除孤立的连线 23 3．4在基因可重复2次、同一基因家族的连线最多有两条的基因组中寻找O距 离断点标本 ．．25 3．5主算法 33 第4章算法的正确性证明 36 第5章实验结果与分析 38 5．1实验结果 38 5．2结果分析 38 第6章总结与展望 40 6．1回顾总结 40 6．2未来工作和展望 41 参考文献 ．42 致 谢 44 攻读学位期间发表的学术论文 ．45 学位论文评阅及答辩隋况表 ．46 山东大学硕士学位论文TABLE 山东大学硕士学位论文 TABLE OF CONTENTS Abstract in Chinese ． ． ．i AbStract in English ．．iii Chapter 1 Pe向ce ．．1 1．1 Background and Objective． ．1 1．2 The state ofthe Art ．．1 1．3 Main Wbrk ．3 1．4 Contents Organization 3 Chapter 2 Genomes Breakpoint ExenlpIar锄d Breal(point Exemplar DistaIlce 5 2．1 111仃oduction to the Problem ofBreakpoint Exemplar DistaJlce 5 2．2 Finding Zero DiStance Breakpoint Exemplar in 13enomes Which HaVe One Gene F舯ily At Most T澌ce is Equm t0 2SAT Problem 9 2．3 SummaⅣ l 1 Chpater 3 An Algorithm of Fin出ng a Zero Distance Breakpoint Exemplar 11 3．1 Couple＆ne Families 12 3．2 Split ofthe Coupled G毛ne Farnilies ．．23 3．3 Delete Isolate Lines ．．25 3．4 Finding Zero DiStance Breakpoint ExeIllIplar in Genomes Which HaVe One Gene F锄ilv At Most T、^，ice ．．25 3．5 Majn Algofit}lm ．34 Chapter 4 ProofofCom≥c协ess ．37 Chapter 5 E印erimental Results aIld Anylysis ．39 Chapter 6 SuIllmary a11d Future Wrork 一40 6．1 Review and Sununary ．．40 6．2 Future Wbrk and Outlook ．41 References ．．42 Ackno、Ⅳledgement ．44 Published PaDers ．45 一 { k II 山东大学硕士学位论文摘 山东大学硕士学位论文 摘 要 从90年代初开始，随着人类基因组计划的展开与深入，科学工作