蛋白质-蛋白质骨架柔性对接研究-计算机应用技术专业论文.pdf.docxVIP

蛋向质．蛋白质骨架柔性对接研究 蛋向质．蛋白质骨架柔性对接研究 摘要 蛋白质一蛋白质骨架柔性对接研究 摘 要 蚩白质一蛋白质对接是指在I埘个蛋白质分。r之IH试阔找剑最好匹配，蛋白质．蛋 白质相瓦作用过程中通常会发生骨架构象变化，蛋白质一蛋白质骨架柔性对接就是设 计相应的对接鲜法和协议柬模拟蛋白质一蛋白质相Ⅱ作用过程中的骨架{=l=|象变化，其 重要意义在于高效可靠的蛋白质一蛋白质对接4i仪是实验测定蛋白质复合物二三维结构 的有益补充，吏为重要的是，它能在分r层而解释现代医学中许多复杂的，k命现象， 是疾病诊断和新药设计与开发的仃效途径和重要工具。本文研究蛋白质一蛋白质骨架 柔性刈+接中的两个难点|、uJ题，即蛋白质一蛋白质相瓦作用过程中有可能发乍骨架构象 变化的柔性区域的预测，以及建立在柔性区域上的对接办法和对接计算协议。 本文首先提ii{了一。个通用的计算方法来自动识别蚩白质一蛋白质相互作用过程ffJ 的引起局部骨架构象变化的柔性环，以及|：：；|发蛋F1质结构域发生位置变化的柔性铰 链。其次，在所}J{舄U的柔性区域的基础．卜，根据柔性区域的属性，本文没汁了两项 对接计算实验，即柔性环能量最小化对接，和基于结构域装配的对接计算协议，评 估了柔性区域谚{别精度的性能和不同计算协议h对接计算模型质量的性能。 柔性环能量最小化对接针对一著名测试集进行了评测，本文对接计算结果及比 较说明了，不论在选择模犁的能量地形显现卜，还是对接计算所产生模型的总体质 量|：，本文在自动识别柔性环卜就环能量最小化对接协议所取得的对接计算结果， 在许多算例卜，都要好于参考对象不提供柔性骨架习太链片段丽仪仪实行骨架能量最 小化对接冼议所取得的结果。对于该测试集卜的每一个箨例，本文对接计算结果集 一h令人满意的模型数几乎是其它对接程序所得结果的双倍，这些结果充分论证了， 无论能量地形的显现与否，还足所生成的对接计算结粜集的质量，本文在该测试集 上的计算预测足町接受的，且住总体h足优。j：参考对琢的。 基。j：结构域装配的对接计算协议针对一个包含}}q个算例的测试集进行了评测， 这}『q个算例都是同际公认的评测案例中的困难算例。霜：这I心个对接计算实例上，存 低分辨率阶段使用本义的皋r结构域装配对接计算协议，以及侄高分辨率阶段使熠 环能量最小化对接计算协议州样也捩得了令人鼓舞的结果。其中，有一个算例在两 种选择方法I：都获得了能量地形；另外两个算例的对接计算结果集t1，的最优模型部 达到了丌j．接受精度模型的条件；而这f，Ij个t}_l对接计算最困难的一个算例的对接计算 结果集中最优模型的Fnat指标满足叮接受精度模型的条件，I『li指标Li’msd和Irmsd 则接近『：可接受精度模型的条件。 摘要 摘要 蛋白质．蛋向质骨架柔性对接研究 本文所有对接计算结果证明了，蛋白质一匿自质牛订互作用过程中，本文自动识别 的骨架柔性区域能够显著改善对接计算所得模型的精度，以及本文设计的建立存所 识别的不旧属性的骨架秉性区域}：的对垃计算协}义足正确nJ‘行的。 关键词： 蛋白质一蛋n质对接，骨架柔性，柔性环自动识别，柔性铰链自动识兄Ij，坏 能鼠最小化对接，结构域装配对接 作 者：罗小虎 指导教师：钱培德 吕 强 II Study Study Protein—Protein Docking with Backbone Flexibility ABSTRACT Study on Protein—-Protein Docking with Backbone Flexibility Abstract Cmntmtational models of protein—protein docking that incorporate backbone flex- ibility cad I)H，diet perturbations of th(、backbone and side chains during do(’king and produce protein—tn’otein interaction models with atolnic accuracy．The chalhlnges faced when modeling pz’otein—protein interactions include the ac(、llracy of the binding site prediction，the accuracy of the flexible region prediction，the choice of effective sam— piing strategy．and tile t37pe of computa．t．ional model．These c