氨基酸与蛋白质的三维结构.PPTVIP

各种谱学方法 各种谱学方法 紫外、红外、激光拉曼、荧光、圆二色性光谱等各种谱学方法是主要结构测定方法的很好的补充，它们能给出生物大分子二级结构及一些溶液构象方面的粗略信息。 通过谱学方法可以方便、快捷地获取三维结构的运动性方面的信息，在大分子结构与功能关系的研究中有重要意义 各种谱学方法 紫外-可见差光谱 荧光探针法 圆二色谱 激光拉曼光谱 红外光谱 紫外-可见差光谱 吸收光谱的原理 紫外-可见差光谱 吸收光谱的原理 定性：吸收光谱的形状，特征吸收波长的位置 定量：比尔定律 A = lg(1/T) = abc 蛋白质的光吸收基团：酪氨酸、色氨酸、苯丙氨酸 差光谱：分子内的生色团经受一定环境变化时，吸收峰发生位移，吸光度和谱带半宽度也有改变，变化后和变化前的光谱差称为差光谱。 应用： 推断生色团在大分子中是隐藏的、半暴露的、还是暴露的。 蛋白质和核酸的热变性动力学研究 测定蛋白质的缔合和解离 荧光探针法 荧光光谱的原理 荧光探针法 荧光光谱的原理 蛋白质的内源荧光：来自色氨酸、酪氨酸和苯丙氨酸，270~300 nm 有吸收，313, 350 nm 有荧光 蛋白质的外源荧光：蛋白质与荧光探针共价或非共价结合，形成发荧光的配合物。 应用： 蛋白质疏水区的探测 氨基状态的探测 二硫键的检测 细胞内粘度的测定 检测结合程度 蛋白质聚合和解离的检测 圆二色谱 平面偏振光、圆偏振光和椭圆偏振光 圆二色性：左右圆偏振光进入物质时，光学活性物质分子对左右圆偏振光的吸收不同，其差值就是圆二色性（CD)。 应用： 测定二级结构 检测构象变化 圆二色谱 激光拉曼光谱 基本原理 拉曼散射和瑞利散射 激光拉曼光谱 基本原理 特征拉曼频率 振动频率决定于原子团和化学键的特性。从特征频率及其位移来判断各种基团的存在与否，以及它的化学环境变化的情况 使用波数s来表示特征频率，它与频率n及波长l的关系为： s = 1 / l = n / c , 波数的单位是cm-1 拉曼光谱的种类 共振拉曼光谱 傅里叶变换拉曼光谱 拉曼旋光活性 表面增强拉曼光谱 标记拉曼光谱 激光拉曼光谱 拉曼光谱的应用 测定一级结构 测定二级结构 活性位点、结合位点等局部区域的结构变化 研究酶的作用机制 研究药物与靶分子的相互作用 第三章 蛋白质结构原理（教材第7章） 引言 蛋白质结构研究的不断深入——认识蛋白质结构规律 蛋白质在生命过程中的作用 第三章 蛋白质结构原理（教材第7章） 结晶状态的蛋白质特征 蛋白质的结构层次 稳定蛋白质构象的作用力 蛋白质结构分类 蛋白质折叠问题 结晶状态的蛋白质特征 结晶状态和溶液状态的蛋白质的结构是基本相同的 不同晶型中蛋白质的结构是相同的 寡聚酶晶体中不同结晶环境里形成基本相同的亚基结构 X射线晶体结构与NMR溶液结构是基本相同的 蛋白质结晶的特点 蛋白质晶体中的溶剂含量：30~50% 晶体中蛋白质分子之间存在溶剂通道 晶体中蛋白质分子之间的存在接触界面 结晶状态的蛋白质特征 结晶条件对蛋白质结构的影响 不同结晶条件下往往形成相同的晶型 结晶时间对蛋白质结构没有影响 少数蛋白质在不同结晶条件下会形成不同的结构 微重力条件对蛋白质结晶和晶体结构的影响 微重力环境有利于生物大分子的晶体生长 微重力不足以改变蛋白质分子的构象 微重力条件能够改善与蛋白质分子有联系的有序水分子的空间排布 蛋白质的结构层次 引言 蛋白质结构的研究历史 20世纪初，Fisher和Hofmeister提出蛋白质肽链学说 1952年，丹麦生化学家Linderstrom-Lang提出蛋白质三级结构理论 1958年，英国晶体学家Bernal提出蛋白质四级结构理论 蛋白质各级结构的概念： 一级结构：多肽链中氨基酸残基的排列顺序（氨基酸序列）。 二级结构：多肽链骨架（主链）的局部空间结构，不涉及侧链的构象及整个肽链的空间排列。 三级结构：整个肽链的折叠情况，包括侧链的排列。 四级结构：相同或不同的蛋白质亚单位（亚基）通过非共价键结合在一起时的组合方式。 蛋白质的结构层次 蛋白质的结构层次 蛋白质的结构层次 蛋白质的一级结构 蛋白质的二级结构 蛋白质的超二级结构与折叠 结构域和蛋白质的三级结构 蛋白质的四级结构 蛋白质的一级结构 氨基酸 肽键 多肽链的构象 一级结构与生物学功能 序列比较 氨基酸 氨基酸是蛋白质的基本组成单位 氨基酸的结构 氨基酸 氨基酸的立体化学 氨基酸有两种立体构型：L-型和D-型（Gly除外） 蛋白质都是由L-型氨基酸构成 D-型氨基酸存在于某些细菌细胞壁和小肽