蛋白质相互作用网络的蜂群信息流聚类模型与算法-计算机学报.PDFVIP

第卷第期 计 算 机 学 报 ３５ １ 　 　　　　　　　　 Ｖｏｌ．３５Ｎｏ．１ 年月 ２０１２１ ＣＨＩＮＥＳＥＪＯＵＲＮＡＬＯＦＣＯＭＰＵＴＥＲＳ Ｊａｎ．２０１２ 　 蛋白质相互作用网络的蜂群信息流聚类模型与算法 雷秀娟 田建芳 　　 （ ） 陕西师范大学计算机科学学院西安７１００６２ 　 　 摘要 、 　　蛋白质相互作用网络的聚类算法研究是充分理解分子的结构功能及识别蛋白质的功能模块的重要方 法很多传统聚类算法对于蛋白质相互作用网络聚类效果不佳功能流模拟算法是一种新型聚类算法，但该算法没 ． ． ， 有考虑到距离的作用效果并且需要人为地设置合并阈值带有主观性文中提出了一种新颖的基于蜂群优化机理 ． ， ， 的信息流聚类模型与算法该方法中数据预处理采用结点网络综合特征值的排序来初始化聚类中心将蜂群算法 ． 的蜜源位置对应于其聚类中心，蜜源的收益度大小对应于模块间的相似度，采蜜蜂结点的所有邻接点按照结点网 络综合特征值的降序排列，作为侦察蜂的搜索邻域采用正确率、查全率等指标对聚类效果做出客观评价，并对算 ． 法的一些关键参数进行仿真、对比与分析结果表明新算法不仅克服了原功能流模拟算法的缺点，且其正确率和查 ． 全率的几何平均值最高能够有效地识别蛋白质功能模块 ， ． 关键词 ； ； ； 　信息流蜂群算法聚类蛋白质相互作用网络 中图法分类号 号： ／ ＴＰ３０１ 犇犗犐１０．３７２４ＳＰ．Ｊ．１０１６．２０１２．００１３４ 　　　 犜犺犲犐狀犳狅狉犿犪狋犻狅狀犉犾狅狑犆犾狌狊狋犲狉犻狀犕狅犱犲犾犪狀犱犃犾狅狉犻狋犺犿犅犪狊犲犱狅狀 犵 犵 狋犺犲犃狉狋犻犳犻犮犻犪犾犅犲犲犆狅犾狅狀犕犲犮犺犪狀犻狊犿狅犳犘犘犐犖犲狋狑狅狉犽 狔 ＬＥＩＸｉｕＪｕａｎＴｉａｎＪｉａｎＦａｎ 　 ｇ （ ， ， ） 犆狅犾犾犲犲狅犆狅犿狌狋犲狉犛犮犻犲狀犮犲犛犺犪犪狀狓犻犖狅狉犿犪犾犝狀犻狏犲狉狊犻狋犡犻′犪狀７１００６２ 犵犳 狆