分子对接方法及hiv整合酶抑制剂的设计研究生物医学工程专业论文.docxVIP

摘要摘要 摘要 摘要 蛋白质分子是生命活动的重要物质，它与包括自身在内的生物分子的相互作 用是生命自组织复杂体系得以正常调控运转的分子基础，一直备受生命科学领域 的关注，是二十一世纪生命科学研究的前沿与热点。继人类基因组计划之后，生 命科学已经进入功能基因组时代，以蛋白质聚集体间相互作用与识别为核心内容 的蛋白质组学研究迅速兴起，已被广泛应用于生命科学的许多领域，具有举足轻 重的战略地位。 随着计算机处理能力的不断增强，理论模拟方法也得到了迅速发展和广泛应 用：采用分子对接方法进行蛋白质复合物结构预测，已成为蛋白质聚集体间相互 作用和识别研究的有力手段，并可为实验工作提供有益的理论指导。如何得到更 多正确的对接结构，然后如何有效快速地筛选出近天然结构，仍然是蛋白质一蛋 白质对接方法学所面临的关键问题和挑战。所以，本论文的第一部分工作围绕蛋 白质一蛋白质对接方法学研究上的两个主要难点，进行深入的研究和探讨。 在蛋白质结构和功能的研究中，发现许多蛋白与疾病的发生和防治相关，是 新药研发的理想靶标。在艾滋病的病原体人体免疫缺陷病毒(HIV)复制过程中， 有三种酶起着关键作用。其中，整合酶负责将病毒eDNA整合到宿主细胞的DNA 中，而且在人体正常细胞中并无其功能的类似物，是研发抗HIV药物的一个非常 有意义的靶点。由于整合酶蛋白的溶解度小，全酶的晶体结构一直没有获得，而 且受整合酶体外抑制剂筛选实验的限制，使得整合酶靶向药物设计进展缓慢，到 目前为止还没有整合酶抑制剂上市。因此，本论文的第二部分工作以HIV整合酶 为研究对象，采用计算机辅助药物设计方法进行了HIV一1整合酶抑制剂的设计、 改造和虚拟筛选。在此基础上，为了进一步获得有活性的HIV—l整合酶抑制剂， 积极筹建酶学测活方法平台，开展了HIV一1整合酶的表达和纯化等生化实验工作 (见论文第三部分)。 北京工业大学工学博二L学位论文本论文主要内容包括以下三个部分： 北京工业大学工学博二L学位论文 本论文主要内容包括以下三个部分： 1．蛋白质．蛋白质对接方法的研究 发展了基于结合位点信息的蛋白质一蛋白质分子对接方法。本工作在FTDock 分子对接程序基础上，把蛋白质的结合位点信息整合到分子对接几何采样的旋转 平移过程中。对lO个目标复合物的对接预测结果显示，该方法可以获得更多的 近天然结构，而且最优对接结构的配体均方根偏差(RMsD)也有明显的降低。同 时，通过多构象叠合的方法在分子对接中考虑蛋白质复合物的主链柔性，提高了 分子对接的效果。 提出了基于蛋白质一蛋白质复合物类型的组合打分函数。根据复合物的界面 性质，将64个复合物划分为四种类型，即蛋白酶／抑制剂、抗原／抗体、其它酶／ 抑制荆和其它类型复合物。该打分函数组合了蛋白质复合物形成过程中的各种能 量，包括界面残基成对偏好性(RP)、去溶剂化自由能(ACE)、静电相互作用以及 范德华相互作用，应用多元线性回归方法来拟合组合函数的各项权重。结果显示， 基于复合物类型的组合打分函数明显地提高了单独能量项对近天然结构的评价 能力，对蛋白酶／抑制剂、抗原／抗体和其它酶／抑制剂复合物的对接结果较一些常 用的打分函数的评价能力有明显的改善和提高。 2．HⅣ．I整合酶抑制剂的设计研究 对～类具有较高活性和特异性的整合酶抑制剂——苯乙烯基喹啉类衍生物 (sQLs)进行三维定量构效关系OD．-QsAR)及其与整合酶的结合模式研究，并进行 了合理的结构改造。采用了比较分子场分析方法《ICoMFA)，得到了一组能够较 好预测SQLs抑制活性的CoMFA模型，并给出了影响这类化合物生物活性的相 关结构信息。对接结果显示，SQLs的喹啉环上7．位羧基和8一位羟基与靶酶活性 区域中镁离子形成鳌合作用：预测的结合能与抑制剂的活性也有很好的线性关 系。基于上述结果，采用从头药物设计方法对该类抑制剂进行了合理的结构改造 和设计，并进行分子对接模拟和聚类分析，获得了在己知SQLs中没有的4类新 化合物结构。 II 摘要同时，运用计算机模拟方法对界面多肽抑制剂进行了突变设计研究。基于整 摘要 同时，运用计算机模拟方法对界面多肽抑制剂进行了突变设计研究。基于整 合酶二聚体的模建结构，采用分子动力学模拟方法分析二聚体间的相互作用，提 取界面肽段与整合酶单体的作用信息。基于界面多肽抑制剂(0Ll和c‘5螺旋)进 行虚拟残基突变，并对设计的多肽分子的二级结构以及其与整合酶单体的作用模 式进行预测。结果显示，与a1和c‘5的螺旋性和结合能相比，部分设计的多肽分 子的螺旋性和结合能有明显改进。 另外，还进行了数据库虚拟筛选，用来寻找新的整合酶抑制剂。在筛选中， 基于整合酶核心结构域的三维结构，采用DOCK4．0程序，对A