蛋白质动力学与蛋白质折叠的理论分析物理学专业论文.docxVIP

摘 摘 要 蛋白质是细胞内含量最高的组分，也是生物界结构和功能上形式 种类最多，最为活跃的一类生物大分子。它在几乎一切生命过程中都 起着关键的作用。作为遗传表达与功能行使的核心，蛋白质这类信息 大分子的结构与运动在生命科学领域中起着极其重要的作用，对它的 研究是一个具有重要学术意义的课题。 我们对蛋白质的天然结构的形成以及在形成天然结构后的分子 的运动进行了理论研究。在蛋白质折叠方面，我们利用简单的格点模 型对自然界中蛋白质的基态的普遍特性进行了描述，同时利用遗传算 法和人工神经网络对蛋白质天然态进行搜索与聚类分析。在蛋白质动 力学方面，我们用蒙特卡罗与分子动力学方法对在天然结构附近的小 振幅运动进行了粗粒化模拟。并且利用高斯网络模型与各向异性网络 模型对蛋白质运动与其功能的联系进行了分析。 关键词：蛋白质，蛋白质动力学，蛋白质折叠，蒙特卡罗模拟，分子 动力学模拟，遗传算法，人工神经网络 AbstractProteins，the Abstract Proteins，the kernel of genetic expression，are the most active biological macromolecules in cells．They play crucial roles in almost all the biochemical processes．It is significant to study the structure and motion of such macromolecules In this thesis，we use simple lattice model to describe the universal characters of native proteins．We also use genetic algorithm and neural network model to search the ground state structures and cluster the different protein families．In the aspect of Protein dynamics，the coarse·-grain monte-carlo simulation and molecular dynamics methods are applied to study the motion of proteins．Furthermore，using Gaussian Network Model and Anisotropic Network Model，we can analysis the relation between structure and function of different protein system， including ATP Synthase and Lactate Dehydrogenase Keywords：Protein Folding，Protein Dynamics，Monte-Carlo Simulation， Molecular Dynamics Simulation，Genetic Algorithm，Neural Network Model 番白质动力学与蛋白质折叠曲理论研竞第一章绪论 番白质动力学与蛋白质折叠曲理论研竞 第一章绪论 人之羯晕有艇易乎?麓之，劓簸事易 易炙。不舄，副易事幕藏矣。 一一器舞 垂白质动力学与蛋白质折叠的理论研竞第一节蛋白质的结构与功能 垂白质动力学与蛋白质折叠的理论研竞 第一节蛋白质的结构与功能 §1．1．1蛋白质的空间结构 蛋白质protein来自希腊语proteios，意指“第一重要的”。的确，蛋白 质是细胞内含量最高的组分，也是生物界结构和功能上形式种类最多，最 为活跃的一类生物大分子fl。J。它在几乎一切生命过程中都起着关键的作 用。组成蛋白质分子的最基本的结构单元，就是所谓的氨基酸(AminoAcid)。 自然界中存在着20种不同的氨基酸，图1 1(1)表示的是单个氨基酸结 构，其中间具有四面体结构的碳原子为碳a原子，它以共价键在～侧与氨基 (NH2)相接，另～侧与羧基(COOH)相接，与它的第三根键相接的是氢原子， 而与第四根键相接的是一个可变的侧链R，自然界中不同的氨基酸的差异 就在于这个侧链的不同。 图1、1(1)氨基酸的结构 蛋白质动力学与蚤白质折叠的理论研充图1．1．(2)多肽链 蛋白质动力学与蚤白质折叠的理论研充 图1．1．(2)多肽链 氨基酸依靠肽键而彼此连接，肽键的形成由一个氨基酸的羧基与另一 个氨基酸的氨基之间脱去一个水分子而形成(脱水缩和)。肽键(一C