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28 1 Vol.28 No.1
2010 3 Journal of Sichuan Agricultural University M ar.2010
1, 2 1 1 2, 3
刘汉梅 , 何 瑞 , 张怀渝, 黄玉碧
(四川农业大学 1.生命科学与理学院; 2.玉米研究所; 3.农学院, 四川雅安 625014)
:本研究应用软件CodonW, 对玉米叶绿体蛋白编 基因的密 子用法进行了初步分析, 计算了位于密 子3
个位置的GC 含量和同义密 子的使用频率, 并确定了玉米叶绿体基因组的最优密 子。 结果显示玉米叶绿体基
因GC 含量低, 密 子第三位的GC 含量最低, 偏好使用以A 或T 碱基结尾的密 子;且确定的25 种最优密 子也
主要以A 或T 碱基结尾。 分析结果对指导外源基因进行分子改造, 提高其在玉米叶绿体中的表达效率及细胞器分
子进化研究等具有重要意义。
:玉米;叶绿体;密 子偏爱性;最优密 子
:S513 :A :1000-2650(2010)01-0010-05
Analysis of Synonymous Codon Usage in
Maize Chloroplast Genome
1, 2 1 1 2, 3
L I U Han-mei , HE Rui , Z HA NG Hua i-y u , HUA NG Y u-bi
(1.College of Biology and Science; 2.Maize Research Institute; 3.College of Agriculture,
Sichuan Agricultural University, Yaan 625014, Sichuan, China)
Abstract:In this study, the pattern of codon usage of protein encoding genes in maize chloroplast
genome w as analyzed y softw are Codon W.The content of G+C at three positions of codons and
the frequency of synonymous codon usage w ere calculated, and the “optimal codons” w ere deter-
mined.The results show ed that the content of G+C of genes w as low, and the content of G+C
at the third position of codons w as significantly low er than that of the first and second positions.
Genes prefer the codons w ith A or T at the synonymous position.In addition, 25 codons w ere af-
firmed as the “optimal codons”, w hich w ere mainly ended w ith A or T .The results provide evi-
dences for these fields, such as molecular modification of exogenous gene to increase the
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