第一类肽链释放因子结构与功能研究的新进展.pdf

生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biop hys ics 2009, 36(7): 817~822 第一类肽链释放因子结构与功能研究的新进展* 洁 柴宝峰 梁爱华** (化学生物学和分子工程教育部重点实验室，山西大学生物技术研究所，太原030006) 摘要 蛋白质生物合成过程的终止是由于第一类肽链释放因子识别终止密码子，并导致肽酰-tRNA 酯键水解，释放出新合 成的多肽链 近期，通过冷冻电镜、结晶学、核磁共振、分子动力学和生物化学等方面的研究，使第一类肽链释放因子的结 构与功能逐渐清晰 对近期的研究进行了分析和整理 关键词 第一类肽链释放因子，冷冻电镜，晶体结构，核磁共振，分子动力学 学科分类号 Q753 DOI: 10.3724/SP.J.1206.2008.00780 蛋白质合成的整个过程包括在核糖体上发生的 3 个结构域(domain)组成(N、M 和C)，形状类似字 肽链合成的起始、延伸、终止并释放新生肽链等几 母Y M 结构域位于Y 的茎部，其总体形状和空 个步骤，其中的终止过程主要由两类肽链释放因子 间结构与tRNA 相似(图1a)，支持了tRNA-mimicry [3] (polypeptide release factor, RF)参与 第一类肽链释 模型 eRF1 的3 个结构域都属于 -茁三明治结构 放因子为密码子特异性因子，负责识别终止密码子 簇，但是具有不同的拓扑学结构 N 结构域中包含 并诱导肽酰-tRNA 的水解，而第二类肽链释放因 4 个 折叠形成的簇，两侧是 螺旋，其中 2 和 茁 子则是一类GTP 酶，为密码子非特异性，协助第 3 形成反平行的螺旋发夹堆积在 折叠的一侧， 茁 一类肽链释放因子行使功能[1] 在螺旋和 折叠的界面间形成明显的沟，这种结 茁 真核及原核生物中第一类肽链释放因子的功能 构特点对终止密码子的识别具有极其重要的作用 不尽相同，原核生物中有两种第一类肽链释放 第一类肽链释放因子N 端的螺旋 1 与C 结构域形 因子RFl 和RF2 ，RF1 识别UAG/UAA ，RF2 识别 成了一个界面 M 结构域的特点是 5 螺旋的N 端 UGA/UAA ，而在大多数真核生物中只有一种第一 偏离结构域主体达25魡，并且在高度保守的GGQ 类肽链释放因子eRF1 ，负责识别 3 个终止密码 区不具有二级结构，而是形成转角，并与M 结构 [3] [4] 子 但有趣的是，纤毛虫虽然是真核生物，但在其 域 簇的边缘相连 2007 年，Ivanova 等 用 茁 中的一些物种中却发现也有两种第一类肽链释放因 NMR 对溶液中的M 结构域进行构象分析，结果表 子，可能与纤毛虫终止密码子编码氨基酸的现象有 明：溶液构象与晶体结构在GGQ 模块上有较大的 [2] 关 这就意味着这些生物中第一类肽链释放因子 差异 GGQ 模块在溶液中的构象具有更大的柔性， 识别终止密码子的机制与高等真核生物存在差异 在NMR 动力学分析中具有较快的质子交换速率和 人eRF1 晶体结构的解析使人们对第一类肽链释放 相对缓慢