基于全基因组序列的马铃薯SSR标记开发与连锁图谱加密.PDF

园艺学报，2018 ，45 (8) ：1551 –1562. Acta Horticulturae Sinica doi ：10.16420/j.issn.0513-353x.2018-0301；http ：//www. ahs. ac. cn 1551 基于全基因组序列的马铃薯 SSR 标记开发与连 锁图谱加密 1 1 1 2 1,* 1 肖桂林 ，徐竹清 ，曹红菊 ，李竟才 ，夏军辉 ，宋波涛 1 （华中农业大学园艺林学学院，园艺植物生物学教育部重点实验室，农业与农村部马铃薯生物学与生物技术重点实 2 验室，武汉 430070 ； 黄冈师范学院大别山特色资源开发湖北省协同创新中心，湖北黄冈 438000 ） 摘 要：本研究检索了马铃薯全基因组范围内的 SSR 序列，并分析了其分布特点。通过开发设计位 于目标染色体上的 SSR 引物，对连锁图谱进行加密和低温糖化抗性 QTL 定位。结果表明，马铃薯基因组 上分布着 28 609 条 SSR 序列，平均分布于 12 条染色体上。其中 2 碱基、3 碱基和 4 碱基基序 SSR 序列 分别有 15 943、11 053 和 1 613 条，富含 A 或 T 的 SSR 数分别占 2 碱基、3 碱基和 4 碱基基序 SSR 总数 的 88.6%、45.0%和 26.0% 。根据 SSR 序列两侧保守的侧翼序列，设计了位于 5 号染色体（chr05 ）上的 SSR 引物 40 对，其中有 35 对能有效扩增，20 对引物的目标片段有多态性，13 对引物的 32 个多态性位 点定位到 chr05 上，将平均标记间距从 9.0 cM 缩小为 1.7 cM，低温糖化抗性 QTL 的2 LOD 置信区间从 26.0 cM 缩小为 4.0 cM ；6 号染色体（chr06 ）上新设计 SSR 引物 59 对，有 54 对能有效扩增，25 对引物 的目标片段有多态性，12 对引物的 30 个多态性位点被定位到 chr06 上，将平均标记间距从 5.5 cM 缩小为 3.5 cM，低温糖化抗性 QTL 区间从 9.0 cM 缩小为 3.7 cM 。研究结果为抗低温糖化QTL 的图位克隆奠定 了良好基础，为马铃薯抗低温糖化分子育种提供了辅助标记。 关键词：马铃薯；SSR；标记开发；遗传图谱；QTL 中图分类号：S 532 文献标志码：A 文章编号：0513-353X （2018 ）08-1551-12 Development of SSR Markers Based on Potato Genome Sequence and Construction of A Higher-density Linkage Map 1 1 1 2 1,* 1 XIAO Guilin ，XU Zhuqing ，CAO Hongju ，LI Jingcai ，XIA Junhui ，and SONG Botao 1 （College of Horticulture and Forestry Sciences，Huazhong Agricultural University ，Key Laboratory of Horticultural Plant Biology ，Ministry of Education ，Key Laboratory of Potato Biology and Biotechnology ，Ministry of Agriculture and Rural 2 Affairs ，Wuhan 430070 ，China； Hubei Collabo