棉花基因组数据库中CPS＆KS基因的查找与分析-江苏农业学报.PDF

江苏农业学报（ＪｉａｎｇｓｕＪ．ｏｆ Ａｇｒ．Ｓｃｉ．），２０１６，３２（１）：２７～３３ ｈｔｔｐ：／ ／ ｗｗｗ．ｊｓｎｙｘｂ．ｃｏｍ ２７ 赵　 亮，狄佳春，陈旭升． 棉花基因组数据库中ＣＰＳ＆ＫＳ基因的查找与分析［Ｊ］．江苏农业学报，２０１６，３２（１）：２７⁃３３． ｄｏｉ：１０．３９６９／ ｊ．ｉｓｓｎ．１０００⁃４４４０．２０１６．０１．００４ 棉花基因组数据库中ＣＰＳ＆ＫＳ基因的查找与分析 赵　 亮，　 狄佳春，　 陈旭升 （江苏省农业科学院经济作物研究所／ 农业部长江下游棉花与油菜重点实验室，江苏 南京 ２１００１４） 　 　 摘要：　 为了探究赤霉素合成关键酶 ＣＰＳ＆ＫＳ类基因在棉花中的分布情况，分析了已发表的拟南芥 ＣＰＳ＆ＫＳ 基因编码的蛋白质氨基酸序列，发现该类基因存在２个保守结构域，Ｔｅｒｐｅｎｅ＿ｓｙｎｔｈ 和Ｔｅｒｐｅｎｅ＿ｓｙｎｔｈ＿Ｃ，其在Ｐｆａｍ 数据库中的种子文件分别为ＰＦ０１３９７和ＰＦ０３９３６。 利用软件ＨＭＭＥＲ 中的Ｈｍｍｓｅａｒｃｈ程序在雷蒙德氏棉蛋白质数 据库中调取７２条序列，通过与拟南芥中的ＣＰＳ＆ＫＳ基因序列进行比对，最终在雷蒙德氏棉基因组中筛选到５个 ＣＰＳ＆ＫＳ候选基因，这５个基因与四倍体棉花ＴＭ⁃１基因组Ａｔ 和Ｄｔ亚组的１０个基因具有同源关系。 通过对赤霉 素敏感的棉花超矮杆突变体赤霉素处理前后转录组数据库分析比对，最终确定２个ＫＳ候选基因在转录组中表现 为上调作用。 关键词：　 棉花； 赤霉素合成酶； 柯巴基焦磷酸合酶（ＣＰＳ）； 内根⁃贝壳杉烯合酶（ＫＳ） 中图分类号：　 Ｓ５６２０３５３　 　 　 文献标识码：　 Ａ　 　 　 文章编号：　 １０００⁃４４４０（２０１６）０１⁃００２７⁃０７ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｅｎｔ⁃ｃｏｐａｌｙｌ ｄｉｐｈｏｓｐｈａｔｅ ａｙｎｔｈａｓｅ ａｎｄ ｅｎｔ⁃ｋａｕｒｅｎｅ ｓｙｎｔｈａｓｅ （ＣＰＳ＆ＫＳ） ｇｅｎｅ ｆａｍｉｌｙ ｉｎ ｃｏｔｔｏｎ ｇｅｎｏｍｅ ｄａｔａｂａｓｅｓ ＺＨＡＯ Ｌｉａｎｇ，　 ＤＩ Ｊｉａ⁃ｃｈｕｎ，　 ＣＥＨＮ Ｘｕ⁃ｓｈｅｎｇ （Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｉｎｄｕｓｔｒｉａｌ Ｃｒｏｐｓ，ＪｉａｎｇｓｕＡｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ Ｃｏｔｔｏｎ ａｎｄ Ｒａｐｅ ｉｎ ｔｈｅ Ｌｏｗｅｒ Ｒｅａｃｈｅｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｙａｎｇｔｚｅ Ｒｉｖｅｒ， Ｍｉｎｉｓｔｒｙ ｏｆ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ，Ｎａｎｊｉｎｇ ２１００１４，Ｃｈｉｎａ） 　 　 Ａｂｓｔｒａｃｔ：　 Ｔｈｅ ｓｔｕｄｙ ｆｏｃｕｓｅｄ ｏｎ ｔｈｅ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ｅｎｔ⁃ｃｏｐａｌｙｌ ｄｉｐｈｏｓｐｈａｔｅ ａｙｎｔｈａｓｅ ａｎｄ ｅｎｔ⁃ｋａｕｒｅｎｅ ｓｙｎｔｈａｓｅ （ＣＰＳ＆ＫＳ），ｔｈｅ ｋｅｙ ｅｎｚｙｍｅｓｆｏｒｂｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓｏｆ ＧＡ，ｉｎｃｏｔｔｏｎｇｅｎｏｍｅ．ＴｈｅＣＰＳ＆ＫＳｇｅｎｅｆａｍｉｌｙｈａｓｔｗｏｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅｓｔｒｕｃ⁃ ｔｕｒｅ ｄｏｍａｉｎｓ，Ｔｅｒｐｅｎｅ＿ｓｙｎｔｈ ａｎｄ Ｔｅｒｐｅｎｅ＿ｓｙｎｔｈ＿Ｃ，ｂａｓｅｄ ｏｎ ｔｈｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｔｈｅｉｒ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｆｒｏｍＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ ｔｈａｌｉａｎａ，ａｎｄｔｈｅ ｓｅｅｄｆｉｌｅｓｉｎＰｆａｍｄａｔａｂａｓｅａｒｅＰＦ０１３９７ａｎｄＰＦ０３９３６，ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ．ＢｙｕｓｉｎｇＨｍｍｓｅａｒｃｈｏｆ ＨＭＭＥＲ，７２ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓｗｅｒｅｈａｒｖｅｓｔｅｄｉｎｔｈｅｇｅｎｏｍｅｄａｔａｂａｓｅｆｒｏｍＧｏｓｓｙｐｉｕｍｒａｉｍｏｎｄｉｉ．Ｆｉｖｅｇｅｎｅｓｅｘｈｉｂｉｔｉｎｇｈｏｍｏｌｏｇｉｅｓｗｉｔｈ １０ｇｅｎｅｓｉｎ ｓｕｂｇｅｎｏｍｅｓＡｔ ａｎｄ Ｄｔ ｏｆ ｇｅｎｏｍｅＴＭ⁃１ｏｆ ｔｅｔｒａｐｌｏｉｄ ｃｏｔｔｏｎｗｅｒｅ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ． Ｂａｓｅｄｏｎｔｈｅ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｏｆ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ｄａｔａｂａｓｅ ｏｆ ａｎ ｕｌｔｒａ⁃ｄｗａｒｆ ｍｕｔａｎｔ ｗｉｔｈ ＧＡ ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ ｂ