基于共鸣识别模型的蛋白质相互作用预测的研究和算法实现-计算数学专业论文.docxVIP

2005印上海大学颂l：学位论文摘 2005印上海大学颂l：学位论文 摘 要 预测蛋向质的相互作jfJ秤理论和实践上都具有非常重要的意义。生物的遗传 信息记录在DNA中。但是，一般而言DNA无法直接实现其生物功能，只有当 DNA被翻译成蛋白质后，这些功能，d能够实现。因此，蛋白质是实现生物功能 最直接也是最重要的生物大分了。事实上每个生物功能都是由一组蛋白质的共同 参与才能实现的。成百上千的蛋F1质参与了生物体内代谢途径的调节、免疫识别 以及DNA的复制等各种生命活动，特别足它们之问的相互作用，使得生物功能 具有难以置信的多样性。 口前，有许多生物学实验方法和汁算机试验方法可以用来进行蛋一质相且作 用的研究，这些方法极大地深化了_人们对蛋白质相互作用的认识。但是，生物学 实验的方法过于费时费力，而现有的一些计算机试验方法则对于所研究的蛋白质 序列又有较高的要求，所以研究和开发新的预测蛋白质相互作用的计算机算法就 凸现了其重要性。 针对存在的问题，我们在文中介绍了共鸣识别模型，该模型利用离散傅立叶 变换对蛋白质序列进行分析，并利用分析的结果预测蛋白质相互作用，从而人人 降低了预测对序列的要求，它可以直接从蛋白质序列预测蛋白质相互作用；在应 用共鸣识别进行蛋白质相互作川预测时，我们需要一定数量的同源序列，如果无 法搜索到足够的同源序列，那么预测将无法进行。针列这个问题，本文又对该模 型应用离散小波变换进行改进，从而进一步降低了预测过程对同源序列数量的要 求。 为检验该算法对蛋白质相互作用预测的效果，文中采用了三个物种的蛋白质 相互作用数据和一组不能相互作用的蛋白质分别作为训练集和测试集对该模型 进行训练和测试。测试的结果显示，此算法可以达到较为理想的预测效果a为了 使科研人员能更加方便地使用该预测算法，我们开发了MRRM-PPlP软件包。这 足～个用c++语言开发的面向对象的程序，使用者可以根据自己的需要预测相应 的蛋白质2_f61的相互作用，并且还可以根据需要扩充程序的功能。 关键词：蛋白质相互作用；共鸣识别模型：离散小波变换；特征频率 !!塑!生堡查兰堡主兰垡堡皇Abstract !!塑!生堡查兰堡主兰垡堡皇 Abstract Predicting Protein-Protein Interaction is very meaningful in theory and practice． The genetic information of living organism was recorded in the DNA，but the DNA could not implemented the biological function until they translated into proteins， therefore protein is the most direct and the most important biology molecular which implement the biological function．In fact，each biological function only be realized by group of proteins．Thousands of proteins participated in any biology function such the regulation of metabolic pathway，immunity regulation and DNA replication，and their interactions lead to the diversity ofbiological function． Nowadays，there many experimental attempts and computational attempts trying to predict the P-P interaction．These approaches boost the prediction of P—P interaction，but the experimental approaches tedious，labor intensive and inaccurate while the computational approaches have rigorous need protein sequences，therefore researching and developing new algorithm to predict the P-P interaction become more and more important． Accordin