基于蛋白质网络的关键蛋白质识别方法研究-计算机科学与技术专业论文.docxVIP

㈣Y ㈣Y Ⅲ1 ㈣9 mmm■I■ 唧7眦5眦4 ㈣5 Identifying EssentiaI Proteins Based on Protein InteraCtion NetworkS Specia Ity： gQmP逊丛S堡i曼n鳗垫鱼壁殳地Q!Q斟 Master Degree Candidate：．．№g H坠堑 Su perVisor： 一．￡煦￡№g』i垒堕苎i堕 SChOoI of Information SCienCe＆Engineering Centra I SoUth U n iVerSity ChangSha Hunan P．R．C 原创性声明本人声明，所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究 原创性声明 本人声明，所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究 工作及取得的研究成果。尽我所知，除了论文中特别加以标注和致谢 的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不 包含为获得中南大学或其他单位的学位或证书而使用过的材料。与我 共同工作的同志对本研究所作的贡献均已在论文中作了明确的说明。 作者签名：丑丝垦 ．日期：业年』月互日 学位论文版权使用授权书 本人了解中南大学有关保留、使用学位论文的规定，即：学校 有权保留学位论文并根据国家或湖南省有关部门规定送交学位论文， 允许学位论文被查阅和借阅；学校可以公布学位论文的全部或部分内 容，可以采用复印、缩印或其它手段保存学位论文。同时授权中国科 学技术信息研究所将本学位论文收录到《中国学位论文全文数据库》， 并通过网络向社会公众提供信息服务。 期：世年』月丝日 摘 摘 要 关键蛋白质是生物体生存和繁殖所必需的蛋白质，在生命活动中 扮演重要角色。关键蛋白质的识别对于生命科学的研究具有重要意 义，在疾病诊治和药物设计等方面也具有重要的应用价值。在后基因 组时代，随着高通量技术的发展，可获得的蛋白质相互作用数据日益 丰富，基于蛋白质网络的关键蛋白质识别成为新的研究热点。 本文从网络拓扑的角度出发，在分析节点拓扑特征的基础上，深 入挖掘了蛋白质网络的特征，设计了有效的关键蛋白质识别方法。主 要研究工作包括： 针对目前以中心性测度为主的基于拓扑的关键蛋白质识别方法 只能反映节点特征而无法表征边的重要程度这一不足，引入边聚集系 数的概念，构造了一个融合网络中点和边双重特性的测度参数 SoECC，并用于关键蛋白质的识别。在酵母蛋白质相互作用网络上的 实验结果表明，SoECC的预测准确率和效率普遍高于六种中心性测 度，并且SoECC预测出的关键蛋白质表现出明显的聚集效应，这种 现象是边聚集系数涵义的体现，也与先前研究者的结论相吻合。 针对现有的关键蛋白质识别方法对生物意义及生物功能的挖掘 不够深入这一缺点，引入蛋白质复合物的信息，构造了一个新的测度 参数SoID来识别关键蛋白质。实验结果表明，SoID预测的关键蛋白 质数量普遍多于六种中心性测度的预测结果，在敏感度、特异性等指 标上也具有一定优势，并且SoID能够有效识别低度关键蛋白质。 针对目前能够获得的蛋白质相互作用数据中包含大量的假阳性 这一事实，提出了一种新的相互作用加权方法，在加权网络中使用六 个经典的中心性测度来预测关键蛋白质。实验结果表明，任何一种中 心性测度在加权蛋白质网络上预测的准确率和效率都普遍高于在相 应的非加权蛋白质网络上的预测结果。基于网络拓扑的关键蛋白质识 别方法的准确性在很大程度上受网络可靠性和数据真实性的影响，对 网络加权可以提升关键蛋白质的预测性能。 本文提出的几个关键蛋白质识别方法，通过引入多种信息，有效 地提高了识别准确度，为关键蛋白质的识别研究提供了新的思路。 关键词蛋白质网络，关键蛋白质，拓扑，蛋白质复合物 AB AB STRACT Essential proteins are t110se proteins、Ⅳhich are indispensable t0 the Viabil毋and reproduction of锄。玛anism．They play all inlport2mt r01e m cell aCtiVities．Identification of essemial proteins is significant not only for t11e researCh of life science，but for practical puIposes，such嬲 di雒皿osis 孤d treatment for diseases and(hug design．Wim也e deVelopment of high一也roughput techn0109y in t11e post·genomic era，a wealⅡ