甲基戊二酸单酰辅酶A还原酶基因的克隆和生物信息学分析.PDF

·2684 · 中草药 Chinese Traditional and Herbal Drugs 第 45 卷 第 18 期 2014 年 9 月 三七3-羟基-3- 甲基戊二酸单酰辅酶A 还原酶基因的克隆和生物信息学分析 * 张 萍，刘迪秋，葛 锋 ，赵恒伟 昆明理工大学生命科学与技术学院，云南 昆明 650500 摘 要：目的 克隆三七总皂苷甲羟戊酸合成途径中的 1 个关键酶 3-羟基-3- 甲基戊二酸单酰辅酶 A 还原酶（3-hydroxy-3- methylglutaryl coenzyme-A reductase ，HMGR ）基因，为进一步研究HMGR 蛋白的功能及开展三七皂苷的合成生物学研究奠 定基础。方法 根据 NCBI 上已公布的同属人参的 HMGR 基因全长序列（登录号GU565097.1 ）设计特异性引物。利用 RT-PCR 技术，以三七愈伤组织总 RNA 反转录的 cDNA 为模板扩增基因片段；并对其编码的蛋白进行生物信息学预测和基因表达分 析。结果 序列分析表明，获得的三七 HMGR （命名为PnHMGR ）基因的cDNA 序列大小为 1 893 bp，该序列与人参、刺 五加和杜仲中 HMGR 基因的一致性分别达到 98%、93%、80%，且含有大小为 1 725 bp 的开放阅读框，经Genbank 查询为 一新的 cDNA 。生物信息学预测PnHMGR 基因编码蛋白包含 2 个跨膜区，不含信号肽，具有 HMGR 催化作用的活性中心结 构域。实时荧光定量 PCR 检测到 PnHMGR 基因在三七细胞生长 30 d 表达量最高。结论 首次从药用植物三七中克隆得到 HMGR 基因的编码区序列，为进一步鉴定 PnHMGR 的功能和开展三七皂苷的合成生物学研究奠定了基础。 关键词：三七；三七总皂苷；3-羟基-3- 甲基戊二酸单酰辅酶A 还原酶（HMGR ）；基因克隆；生物信息学 中图分类号：R282.12 文献标志码：A 文章编号：0253 - 2670(2014)18 - 2684 - 07 DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2014.18.021 Cloning and bioinformatic analysis of 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme-A reductase gene from Panax notoginseng ZHANG Ping, LIU Di-qiu, GE Feng, ZHAO Heng-wei Faculty of Life Science and Technology, Kunming University of Science and Technology, Kunming 650500, China Abstract: Objective Panax notoginseng is an important medicinal plant and its secondary metabolites, P . notoginseng saponins (PNS), synthesized by the mevalonate pathway are the active ingredients. The study on the gene of the key enzyme 3-hydroxy-3- methylglutaryl-coenzyme-A reductases (HMGR) in the mevalonate pathway is helpful for the regulation of PNS syntheses. Methods The primers were designed according to P . ginseng HMGR (accession number: GU565097.1) from NCBI. Total RNA was extracted from the callus of P . notoginseng. The fragment of HMGR gene was amplified by reverse transcription PCR technology and analy