专题讨论设计并分析RNA定序实验资料以辨别剪接异构体的调节.PDFVIP

國 立 台 灣 大 學 農 藝 學 系 四 年 級 專 題 討 論 設計並分析 RNA 定序實驗資料以辨別剪接 異構體的調節 Analysis and design of RNA sequencing experiments for identifying isoform regulation 作者： Katz Y, Wang ET, Airoldi EM, Burge CB. 出處：Nature Methods (2010) Vol.7 No.12 1009-15. 主講學生：蔡鈺深 指導教授 ：劉力瑜 助理教授 時間 ：2011 年10月 13號上午 地點 ：農藝系館 112 教室 1 摘要 人類的基因表現，大部分都是藉由選擇性剪接 (alternative splicing) 來產生出多種不 同功能的剪接異構體 (isoforms) ，根據高通量定序的資料，作者發展出一個統計模 式”mixture-of-isoform model(MISO model)”來推斷剪接異構體的調節，並估計 每個剪接異 構體的表現量以及建立信賴區間。利用雙尾 RNA 定序(paired-end RNA-seq)並結合嵌入 長度分布(insert length distribution) ，對於估計選擇性剪接的程度有所幫助。本文將MISO model 應用在 RNA 剪接因子 (RNA splicing factor ，hnRNP H1)如何調節選擇性剪切 (alternative cleavage)和 多腺苷酸化作用(polyadenylation)之上，並結合紫外光交聯免疫定 序(UV cross-linking-immunoprecipitation sequencing做驗證。) 本研究利用 MISO model所 得到結果可在 RNA 定序分析中提供一個統計架構，也可以 了解 pre-mRNA 修飾 (pre-mRNA processing)的功能性， 以及在研究基因和剪接異構體的表現課題中要如何設 計 一個RNA 定序實驗給予最適當的準則。 前言 後生動物的基因 表現常藉由選擇性剪接 產生不同的剪接異構體 ，這些不同的剪接異 構體對於後生動物的生長發育、分化、疾病都有著重大的影響。例如: 丙酮酸激活酶 (pyruvate kinase) 基因在特定組織中的表現是藉由不同的剪接異構體 產生兩種催化活性、 調節方式、以及抑制腫瘤的能力皆不同的產物。保守估計，大部分的哺乳類動物基因可 產生2-12種不同的剪接異構體 ，然而也有少數例外，像是在神經細胞表面蛋白(neurexins) 的基因表現可產生多達 1000種不同的剪接異構體 。 最近 ，高通量 RNA 定序技術的出現，讓我們在研究轉錄體 (transcriptome)上提供了 一個強而有力的方法，RNA 定序技術的資料常常用來檢視數量龐大的 人類基因在特定 組織中的變異修飾。至今，RNA 定序資料的分析方法都著重在估計基因的表現量和發 現新的基因或外顯子 、對mRNA轉錄做註解、以及估計替代型外顯子 (alternative exons) 的表現量。 近年來 ，有兩種方法可用後生動物的基因組所產生的RNA 定序的資料對未 知的轉錄表現做註解，這兩種方法分別是 Cufflinks和 Scripture 。 目前來說，要正確地得知替代型外顯子的 表現量以及不同外顯子和剪接異構體的調 節還是相當具有 挑戰性。雙尾 RNA 定序是將 mRNA所反轉錄出來的 cDNA片段的兩端 都做定序的動作 ，這樣的定序方法對isoform-centric 分析來說是好方法。在這裡作者們 發展出 MISO 統計模式可使用單尾 RNA或者是雙尾 RNA的定序資料做分析，不管是在 外顯子或剪接異構體的層次，都能對選擇性剪接做出更正確的估計 。MISO 統計模式在 外顯子和剪接異構體的表現量估計提供了一個信賴區間，也可觀察到各種不同的基因表 現並利用潛在的資訊預估得到更準確的結果。作者們把 MISO 統計模式應用在剪