酵母螺旋酶(YRF)基因家族演化的研究-生物物理专业论文.docxVIP

内蒙古大学硕士学位论文酵母螺旋酶(Yl讲)基因家族演化的研究 内蒙古大学硕士学位论文 酵母螺旋酶(Yl讲)基因家族演化的研究 摘要 在2000版酵母(Saccharomyces cerevisiae)全基因组中，某些染色体的5 3’端的第一个基因较为特别，它们是YRFl．1、YRFl．2、YRFl．3、YRFl．4、YRFl—5、 YRFl．6和YRFl．7，长度均在1500a．a以上(基因YRFl-4的长度为1383a．a)， 属于酵母基因组中一个特殊的基因家族 ，编码酵母螺旋酶蛋白 (Y-helicase protein)，具有保护端粒不被降解和DNA修复的生物学功能，与端粒蛋白的功 能极其相似，极有可能属于目前国际上研究极热的端粒蛋白。 此外，对其余染色体两端附近所存在的长度在1000a．a左右的ORF研究中， 发现多数染色体的端部普遍存在一个与酵母螺旋酶基因高度同源的ORF。为方 便全文说明，把这些ORF与螺旋酶基因统称酵母螺旋酶基因家族。通过序列 相似性分析，结合序列内亚结构(序列内所含小ORF片断)分布相似性比较， 初步得到了螺旋酶基因与这些ORF之间的进化关系。为进一步研究酵母螺旋酶 基因家族的演化过程，运用重建进化树的方法，对螺旋酶基因家族的所有序列 进行了动态聚类，得到了进化树。经过分析，给出了酵母螺旋酶基因家族较为 完整的演化过程。并运用基因间关联度和序列非均匀性指数对结果进行了检验。 在研究过程中，对2000版酵母全基因组中存在的基因定位错误进行了修 正，对某些ORF，进一步做了基因的预测。此外，关于内含子的形成，本文也 做了初步的探讨。 关键词：酵母螺旋酶基因，ORF，同源性，演化，重建进化树，动态聚类 致谢在三年的学习生活中，我的导师李宏教授给予了我悉心的指导和极大 致谢 在三年的学习生活中，我的导师李宏教授给予了我悉心的指导和极大 关怀，李老师活跃的学术思维和严谨的治学态度使我受益匪浅!师恩浩荡， 无以为报，借此机会，谨致以衷心的感谢和诚挚的敬意!同时，这三年来， 由衷的感激罗辽复教授的谆谆教诲和李前忠教授的亲切关怀，以及生物物 理教研室的各位老师所给予的无私帮助。 最后，对三年来为我提供帮助的资料室的老师以及启发我思维的生物 物理组的同学表示感谢。感谢物理系对我的培养! 酵母螺旋酶(YRF)基因家族及其演化的研究第一篇酵母螺旋酶基因家族研究 酵母螺旋酶(YRF)基因家族及其演化的研究 第一篇酵母螺旋酶基因家族研究 一、引言 随着生物技术的迅猛发展，近几年来，已公布的生物全基因组序列的数目迅速增长，特 别是随着人类基因组计划(Human Genome Project，HGP)的推进【1]，数十种原核生物和数个真 核生物基因组DNA全序列的测定已经完成12]。酵母基因组作为人类测序完成的第一个真核模 式生物基因组，它的完成标志着生命科学进入了一个新的纪元——后基因组时代【2．3】。今天， 呈现在人们面前的是一个浩瀚的密码世界，而解码生命则成为揭示生命奥秘的当务之急。因 此，广大生物学工作者所面对的早已不再是一个单纯的生物学问题，其它学科的介入已经成 为解开生命之谜的必需。由此发展起来的基因组信息学是弄清基因结构和功能等方面信息的 重要手段【4J，在实验还不能迅速穷尽一个基因组的全部基因编码序列时，理论上预测可能的 基因编码区显得尤为重要，人们在研究编码序列的特征、编码序列与非编码序列的联系等方 面已经做了大量的工作15。7J。以酵母基因组为例，来自多个学科的专家正在不断的丰富和完善 其功能片段的确认和注释工作，随着计算机网络和识别算法的不断发展，基因的识别工作已 经取得了咀显的进展，不断有新的基因编码区被发现[s-z5]，而在已发现的基因编码区中，大约 60％是通过理论分析得到的[2】。因此，从某种意义上来说，从纷杂的基因组中提取生命的信息 已经成为现代解码生命的重要手段，也是当前理论生物学工作者所要解决的首要问题。 为了在低信噪比的条件下提取出有限的生命信息，生物理论工作者不断尝试改进、开发 更好的程序和方法，一大批序列比较程序、基因预测方法、蛋白功能预测方法应运而生 [8,12,t6,17]，比较基因组学在探讨基因的功能方面已经占据了重要地位。就序列比较方面两言， 较为有效且常用的程序首推BLASTtl81和FASTA[1明系列了。然而，即使是这些较好的程序和 方法，在具体应用中，其表现与人们的期望也有很大的差距，特别是对于功能性基因的预测， 仍需在实践中不断的探索和完善[20-221。此外，在探索基因间亚结构的相似性方面也需开发各 种新的方法，用以预测新的基因或探讨基因的进化，如基因的演化和调亡。 核酸序列，特别是编码序列的进化往往需要几千万年的时间，但是，对于编码序列，我 们今天所能得到的、