酵母核小体定位的理论预测及核小体体外组装的初步研究-生物物理专业论文.docxVIP

原创性声明胂Y 原创性声明 胂Y ¨¨¨¨¨¨●■- 舢8 舢8 舢8 肌9 舢9 m肿l 本人声明：所星交的学位论文是本人在导师的指导下进行的研究工作及取得的研究成果。除本文已 经注明引用的内容外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得凼墓直太堂及 其他教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中 学位论文作者签名：态秀姻 指导教二签名：强 作了明确的说明并表示谢意。 日 期：剑I!土1 2望E1 ．期：丝!!：』!矽 在学期间研究成果使用承诺书 本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，即：内蒙古大学有权将学位论文的全 部内容或部分保留并向国家有关机构、部门送交学位论文的复印件和磁盘，允许编入有关数据库进行检索。 也可以采用影印、缩印或其他复制手段保存、汇编学位论文．为保护学院和导师的知识产权．作者在学期 间取得的研究成果属于内蒙古大学。作者今后使用涉及在学期间主要研究内容或研究成果，须征得内蒙古 大学就读期间导师的同意：若用于发表论文，版权单位必须署名为内蒙古大学方可投稿或公开发表。 学位论文作者签名：盘叠壹舀 指导教师签名： 霖j辛 日 期：型22丛立旦． 日 期：21 11：专!蟹 博士学位论文：酵母核小体定位的理论预测及核小体体外组装的初步研究酵母核小体定位的理论预测及 博士学位论文：酵母核小体定位的理论预测及核小体体外组装的初步研究 酵母核小体定位的理论预测及 核小体体外组装的初步研究 摘要 真核生物中负载着遗传信息的DNA分子在细胞中被包装成核小体。核小体不仅是构成 真核生物染色质的基本结构单位，更重要的是通过它在基因组上的定位及其组蛋白复合物 的化学修饰调控诸如转录、DNA复制和修复等基因表达过程。由于核心DNA被包装进核 小体中，阻断了那些负责最基本生命过程的蛋白与DNA的接触机会，而核小体之间的自由 区域更有利于这些蛋白因子的进入并识别结合位点，从而保证蛋白因子易于接近染色质模 板。目前基于全基因组的核小体定位分析，发现基因组上核小体分布极不均匀，某些区域 核小体占据率高，某些区域核小体缺乏。在基因间区与基因区(OREs)相比，核小体更加稀 疏；在基因的一些调控区，如启动子区、转录起始和终止位点、复制起始等区域，通常缺 乏核小体。也有一些工作表明启动子区核小体的占据与其下游的基因表达效率呈负相关。 因此，核小体在基因组上的位置对基因的表达调控是非常重要的。 随着高通量实验技术的快速发展，目前已得到多种真核生物核小体定位的高分辨率实 验图谱，但采用实验技术提取全基因组的核小体定位信息时，不仅耗费大量的时间和经费， 而且对后续实验数据的分析也存在着局限。因此，基于现有的实验数据，发展核小体定位 的理论预测模型已经成为了生物信息学领域的热点问题。 真核生物复制起始的调控是复制调控的重要环节，ARS(Autonomously Replicating Sequence)是酵母染色质复制所依赖的顺式作用元件。多项研究表明自主复制序列的结构影 响其活性，且有不同活性的自主复制序列上的核小体分布不同。利用体外核小体重组技术 研究核小体定位对ARS复制起始活性的研究有重要的生物学意义。 本文基于酵母核小体序列信息发展了预测核小体定位的模型，并用于酵母全基因组核 小体预测中，取得较好的预测效果。用分子生物学方法构建了含酵母ARS的重组质粒 pRS405．ARS，采用酸抽提法提取酵母的组蛋白；为核小体的体外重组奠定了基础。主要研 究内容如下： 博士学位论文：酵母核小体定位的理论预测及核小体体外组装的初步研究1．基于核小体序列中k-mer频数信息，采用多样性增量与支持向量机结合(ID．SVM) 博士学位论文：酵母核小体定位的理论预测及核小体体外组装的初步研究 1．基于核小体序列中k-mer频数信息，采用多样性增量与支持向量机结合(ID．SVM) 的方法对酵母核小体核心DNA和连接DNA序列进行分类预测，取得了较高的预测精度。 在人类和果蝇的核小体核心DNA和连接DNA序列分类预测中也取得了较为理想的效果。 2．基于核小体序列中k-mer频数信息和poly(A)信息，发展了预测核小体定位的IDQD 模型，并将模型应用于酵母全基因组的核小体占据分析。在对转录起始位点(TSS)、转录终 止位点(TTS)、复制起始序YJJ(ARS)等功能区的核小体占据预测分析时IDQD模型也体现出 良好的性能。 3．比较了溶菌酶法、蜗牛酶过夜处理法、蜗牛酶反复冻融法、珠磨法等4种破壁提取 酵母基因组DNA的方法；利用基本分子生物学方法将含酵母ARS304(ARS305)及其两侧序 列与酵母穿梭质粒pRS405重组后，命名为pRS405一ARS。得到一系列含有ARS304