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中華大學生物資訊學系系統開發專題報告 以局部結構相似度網路之重啟隨機遊走研究蛋白質磷酸化 Random Walk with Restart on Local Structural Similarity Network of Protein Phosphorylation 專題組員 :王閔麒、陳毅 專題編號： PROJ2014-BIOINFO-10005 指導老師 :董其樺 老師 [1,2] 。 摘要 前人研究指出 ，細胞內 約略三分 蛋白質磷酸化是調節和控制蛋 之一的蛋白質會被磷酸化，還有將近 白質活性最基本、最普遍也是最重要 一半左右的蛋白激酶和 疾病或者癌症 的機制。本專題研究中，我們用生物 有關係 [3] 。目前在生物體中的磷酸化 資訊的方式來研究蛋白質磷酸化的位 網路還 未利用結構資訊進行分析 ，且 置 。先把蛋白質磷酸化資料位置統 磷酸化與許多疾病有關 。所以 ，我們 整 ，再用結構字元集之定義，將蛋白 使用資訊演算法配合磷酸化 結構相似 質結構轉為一級序列後，建立局部結 網路進行分析 ，對於磷酸蛋白質體學 構相似度網路來分群蛋白質磷酸化位 (Phosphoproteomics)有很大的幫 置的結構 。隨後利用重啟隨機遊走演 助。研究被磷酸化蛋白之 結構 ，有助 算法 來計算出每一個蛋白質片段可能 於發展基因表現與修飾調控之機制、 被磷酸化的分數。最後評估當利用此 蛋白質交互作用與細胞內訊號傳遞等 分數進行磷酸化判斷時，其準確度可 應用 。 達 87.5%至95.86% 。 關鍵字 :磷酸化分析、網路生物學、 後轉譯修飾 二、簡介 2-1蛋白質磷酸化介紹 蛋白質磷酸化可發生在很多胺基 酸上 ，其中絲胺酸為最多(如圖一) ， 然後是蘇氨酸 。而酪氨酸則相對較少 圖一 、被磷酸化的 絲胺酸 。取自蛋白質 磷酸化的發生 。蛋白質磷酸化是由蛋 PDB:1T29 。 白質激脢所作用的 ，由於每個蛋白質 激脢只會讓特定的胺基酸發生磷酸化 2-2重啟隨機遊走 的反應 ，因此不同的蛋白質功能 ，其 重啟隨機遊走 (Random walk with 胺基酸磷酸化位置也不同 。蛋白質激 restart) ，是一種數學統計模型 脢會讓 特定胺基酸發生磷酸化 ，取決 [4-6] 。其原理是描述一個節點往其他 於胺基酸的序列組合與結構形狀 節點移動時 ，每一次的移動都是隨 1 機 。而且當他到下一個節點時，會 有 如圖四所示，我們利用對應工具 一定機率回到起點而重新移動。 /mapping/ 圖二 、應用重啟隨機遊走演算法之網路 示意圖 圖 三、搜尋蛋白質磷酸化位置資料流 程圖 以圖二為例，假設我們從點 1 出 發，他可能隨機移動到的下個位置是 ，找出UniProt id 對應的