常用DNA分子标记类型和特点.doc

PAGE \* MERGEFORMAT1 常用DNA分子标记类型和特点 依据对DNA多态性的检测手段，DNA标记可分为四大类： 第一类为基于DNA．DNA杂交的DNA标记。主要有限制性片段长度多态性标记(RFLP)、可变数目串联重复序列标记(VNTR)、单链构象多态性RFLP(SSCP、RFLP)等； 第二类为基于PCR的DNA标记。主要有随机扩增多态性DNA(RAPD)，简单重复序列DNA 标记(SSR)，测定序列标签位点(STS)，表达序列标签(EST)，测序的扩增区段(SCAR)； 第三类为基于PCR与限制性酶切技术结合的DNA标记。主要有两种，一种是扩增片段艮度多态性(AFLP)，第二种是酶解扩增多态顺序(CAPS)； 第四类为基于单核苷酸多态性的DNA标记。主要是单核苷酸酸多态性(SNP)。 各类常用分子标记的特点和应用如下： 标记名称 引物设计方法 特点 应用 多态性原因 RAPD 以几个随机寡核苷酸(常用10个)为引物 简便、易行、灵敏、安全性好、 DNA用量少，能快速进行基因多态性研究，但重复性较差 遗传资源保存、遗传多样性研究、种质资源鉴定、遗传资源分类、品种纯度鉴定、遗传图谱的构建、突变检测、基因标记和基因组比较 多态性是由于引物与不同区段的同源序列结合，产生不同的DNA产物 RFLP 以单拷贝或低拷贝的DNA克隆(基因组 DNA或cDNA)作探针 共显性、信息完整、稳定性、重复性好 品种鉴别和品系纯度鉴定、分子标记连锁图谱构建、基因定位、种质鉴定和遗传背景分析、遗传多样性分析 多态性主要足由于限制性内切酶酶切位点或位点间DNA序列中 单碱基的替换、DNA片段的插入、缺失、易位和倒位等引起 SSR 两端序列较保守， SSR引物根据与微卫星重复序两端的特定短序列设计，用来扩增重复序列本身，从而揭示微卫星的多态性。 共显性、信息完整、稳定性重复性好，操作简单 生物遗传作图、基因定位、群体遗传研究、个体间亲缘关系鉴定 多态性是由于SSR座位的基本单元重复次数的小同而形成 SNP DNA测序中碱基的峰 高和面积变化，已有DNA序列比较，设计特定区域DNA片段的PCR引物，扩增 相虑DNA片段并进行 序列比较 SNP的数量极其丰 富，并且可以进行自动化检 适应于复杂性状的遗传分析、引起群体差异的基因识别 多态性足由于单个核苷酸的变异所引起 AFLP 用两种能产生黏性末端的限制性内切酶将基因组DNA切割成分子量人小不等的限制性片段，然后将这些片段与其末端互补的已知序列的接头连接，所形成带接头的特异片段用作随后的PCR反应模版，PCR引物5’端与接头和酶切位点序列互补，3’端在酶切位点后增加1～ 不需要预先知道 DNA序列信息的情况下就可以同时进行多数DNA酶切片段的PCR扩增，既有RFLP的可靠性又有RAPD的方便性 构建高密度的遗传 连锁图，DNA指纹 图谱构建 多态性是由于酶切位点和其后的选择性碱基的变异 SCAR 根据RAPD或AFLP碱 基序列设计特异引物 克服了RAPD标记 的不稳定性， AFLP标记的难操作性 生物遗传作图、基因定位 多态性是由于引物与不同区段的同源序列结合，产生不同的DNA产物 CAPS 适合于扩增产物的限 制性内切酶 是一些特异引物 PCR标记的延伸 适应于性状连锁标 记的发掘 多态性是由于特异PCR产物DNA序列内限制性晦切位点变异 本文引用地址： HYPERLINK /blog-997876-706895.html \t _blank /blog-997876-706895.html