基于图形表示及氨基酸顺序的蛋白质进化分析-运筹学与控制论专业论文.docxVIP

原创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进 原创性声明 本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进 行研究所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外，本论文不包含任何 其他个人或集体己经发表或撰写过的科研成果。对本文的研究作出重要贡 献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本声明的法律责任由本人 承担。 论文作者签名：盘堑 日 期：塑邀墨!生 关于学位论文使用授权的声明 本人完全了解山东大学有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保 留或向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅 和借阅；本人授权山东大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关 数据库进行检索，可以采用影印、缩印或其他复制手段保存论文和汇编本 学位论文。 (保密论文在解密后应遵守此规定) 论文作者签名：毽洫 导师签名： 期：塑螋 万方数据 山东大学硕士学位论文目录 山东大学硕士学位论文 目录 摘要 ．I ABSTRACT ．III 第一章绪论 l 1．1引言 ．．1 1．2研究方向及背景 ．2 1．3图形表示的研究过程 4 1．4论文的主要工作以及论文结构 ．6 1．4．1论文的主要工作 ．．6 1．4．2论文结构 ．．7 第二章氨基酸的坐标表示 9 2．1蛋白质数据库及数据收集 9 2．1．1蛋白质数据库简介 9 2．1．2收集数据材料 10 2．2坐标选取 12 2．2．1引言 ．．12 2．2．2横坐标的选取 12 2．2．3纵坐标的选取 15 2．3非退化性证明及应用 ．16 2．3．1非退化性证明 16 2．3．2应用 ．．17 2．3本章小结 18 第三章特征提取 19 3．1对坐标表示进行预处理 19 3．2提取特征向量 ．．20 3．2．1引言 ．．20 3．2．2相邻距离向量 2l 3．2．3等长处理 ．22 3．2．4相邻氨基酸顺序的影响 ．23 万方数据 山东大学硕士学位论文3．3本章小结 山东大学硕士学位论文 3．3本章小结 25 第四章数据处理及进化分析 26 4．1距离公式介绍 ．．26 4．2进化树与序列比对工具 28 4．2．1进化关系和进化树 ．28 4．2．2常用序列比对工具介绍 29 4．3进化分析 30 4．3．1 ND5数据集进化分析 ．．30 4．3．2 24条转铁蛋白序列进化分析 ．32 4．3．3 27条抗冻蛋白序列进化分析 ．34 第五章总结与展望 ．．38 5．1总结 38 5．2展望 39 参考文献 ．．40 致谢 ．．46 万方数据 山东大学硕士学位论文CoNTENTS 山东大学硕士学位论文 CoNTENTS ABSTRACT in Chinese ．I ABSTRACT in English ．．III Chapter 1 In缸oducfion ． ． ． ． ． ． ． ． ．1 1．1 Preface ． ． ． ． ． ． ． ．1 1．2 Research Direction and Background． ． ． ． ． ． ． 2 1．3 The Research Process ofGraphical Representation 4 1．4 The Main Work and Structure ofthe Paper 6 1．4．1 The Main Work ofthe Paper ．6 1．4．2 The Structure ofthe Paper ．7 Chapter 2 The Coordinate Representation ofAmino Acids ．9 2．1 Protein Data Base and Data Collection ． ． ． ． 9 2．1．1 the BriefIntroduction ofProtein Data Base ．9 2．1．2 Collection ofData Sets ．10 2．2 ，nle Coordinate Selection ．．12 2．2．1 Preface． ． ． ． ． ． ． ． ． 12 2．2．2 Horizontal Coordinate Selection ．．12 2．2．3、，ertical Coordinate Selection 15 2．3 nle Prove ofNo Circ疵and Application 16 2．：；．1 The Prove ofNo Circuit ． ． ． ． ． ．16 2．3．2 The Application ．17 2．4 Summary ． ． ． ． ． ． ． ．1 8 Chapter 3 Feature