分子生物学软件实验各阶段多种软件介绍教学精品.pptVIP

RasMol 2.7 是计算化学与分子图形学以及信息产业的同步高速发展的成果，使一个普通的科研工作人员，在自己的个人电脑上，就可以从Internet上的各种免费数据库中，下载所需观察与研究的分子坐标文件。 通过RasMol 2.7以各种模式、各种角度，甚至按照自己的意愿旋转着，观察此分子神秘的微观三维立体结构。 进而了解化合物分子结构和各种微观性质与宏观性质之间的定量关系。 RasMol 2.7 显示1EQF A链三维结构 RasMol 2.7 RasMol 2.7的作者是GlaxoWellcome公司（世界第一大制药公司）研发中心的科学家Roger Sayle。 RasMol 2.7最大的特点是界面简单，基本操作简单，运行非常迅速，对机器的要求较低，对小的有机分子与大分子，如蛋白质、DNA或RNA 均能适用，且显示模式非常丰富。而且它程序短小，功能强大。尚无在功能上出其右者。其显示窗口可以很简单通过选择相应的菜单来显示分子的三维结构。 用命令行窗口，通过输入命令可以执行和显示复杂和要求极高的三维图形。 Cn3D 是由NCBI开发的用于观看蛋白质三维结构的软件，其设计的主要目的是为NCBI在其站点中的蛋白质结构数据库MMDB提供专业的结构观察软件， 主要的操作界面分为两个窗口，如右图所示，一个为结构窗口，另一个为序列窗口。 Cn3D 与其他的类似软件，其在结构观察方面主要功能上基本相似，但是图形格式上比Rasmol和Weblabview要差一些。 在与网络连接上，该软件能依托NCBI所建立的所建立的MMDB结构数据库，能直接根据输入的序列号从数据库中利用其内嵌的Entrez搜索引擎调出蛋白结构来进行观察，比其他软件要简便。 * 依靠PDB数据库及其格式，其中没有生物高聚物的完整化学键信息，无需残基辞典，而迫使利用化学规则编程。对记录数据的要求最低。 而MMDB与PDB相比增加了附加信息，运用标准的“残基辞典”，记录了生物高聚物的信息。 因此更为真实可信。另外还有一种mmCIF格式 分子生物学软件介绍 Reference Manager 9.0 可以在线通过查找关键词搜索PubMed和609个Z39.50数据库中的专业资料,同时保存查找的资料为本地文件。 资料内容和记录分上下两个屏幕，如有全文或想连接网络时敲键盘就可到相应的全文文章和摘要。可以直接在WORD中查找资料，并插入引用。 在文章中对引用的文献可以格式化，引用的参考资料格式有很强的用户自定义功能，可以符合各种杂志对引用格式的要求，引用时不用多窗口切换。 Reference Manager 9 界面 2. Endnote 3.1.2  是一个在线专业资料查找系统,可以保存查找资料,并在文章中对引用格式化. 二、 实验实施阶段 随着实验的进行，就必须对实验过程中的DNA、RNA和蛋白质的信息进行各种处理，包括 限制酶分析 引物设计 同源序列比较 质粒作图 结构域(motif)查找 RNA二级结构预测 蛋白二级结构分析 三维结构显示等方面的内容。 1、 综合软件Omiga 2.0 Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件，它还兼有引物设计的功能。主要功能：编辑、浏览、蛋白质或核酸序列，分析序列组成。 用Clustal. W进行同源序列比较，发现同源区。 查找核酸限制性酶切位点、基元（Motif）及开放阅读框（ORF），设计并评估PCR、测序引物。 查找蛋白质解蛋白位点（Proteolytic Sites）、基元、二级结构等。 查寻结果可以以图谱及表格显示，表格设有多种分类显示形式。 另外，该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析，对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。 Omiga 2.0 ORF Map DNASIS 2.5 DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司（Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.）97年推出的一个功能强大的序列分析软件。 包含有大部分分子生物学软件的常用功能，可进行DNA、RNA、蛋白质序列的编辑和分析，甚至还能进行质粒作图、数据库查询等功能，足可满足一般实验室的要求。 在DOS时代，DNASIS 7等版本便是流传甚广并曾给过许多人以帮助的分子生物学软件，因此我们有理由期待Win版的DNASIS 会带给我们惊喜。 DNASIS 2.5 RNA 二级结构预测 DNATools 5.1 与Omiga, DNAsis, PCgene等属于同一类的综合性软件,操作简单功能多。 DNATools设计的用户友好、强大，快速、方便地获取、贮藏和分析序列及数据库查询获得的序列相关信息。 DNATools包容性很好，能把几乎所有文本文件打开作为序列。当程序不能辨别序列的格式时