关联分析试验设计的模拟研究-作物学专业论文.docxVIP

浙江大学研究生学位论文独创性声明本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的 浙江大学研究生学位论文独创性声明 本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的 研究成果。除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发 表或撰写过的研究成果，也不包含为获得逝姿盘堂或其他教育机构的学位或 证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文 中作了明确的说明并表示谢意。 学位论文作者始韶杰、 签字嘶沙，6年占月7日 学位论文版权使用授权书 本学位论文作者完全了解 逝婆太鲎 有权保留并向国家有关部门或机 构送交本论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅。本人授权逝姿盘堂 可以将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索和传播，可以采用影 印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。 (保密的学位论文在解密后适用本授权书) 猁黼始韶杰 导师签名： 多％炽 签字日期：≯J 1f年6月7日 签字魄少，≮易月7日 万方数据 浙江大学硕士学位论文 浙江大学硕士学位论文 致谢 致谢 首先，特别感谢我的导师徐海明老师，本研究是在导师的悉心指导下完成。 徐老师不管是为人师还是做科研都务实专注、兢兢业业，为学生们做了很好的榜 样，是学生们学习的模范。徐老师工作勤奋，牺牲自己休息时间，每天工作到深 夜，不管是讨论问题，还是交流思想，任何时间只要敲开徐老师办公室的大门， 他都会笑脸相迎，并耐心细致地与学生交谈。细想来，与徐老师的每次谈话都会 给我带来新的思想，更加树立我对科研的兴趣和决心。徐老师严谨治学的态度， 勤奋认真的品质深深地影响着我，激励着我在日后学习工作中更上一层楼! 其次，我也要感谢朱军老师、樊龙江老师、叶楚玉老师对我的学业上的指导。 朱老师登峰造极的学识、激情四射的讲演以及平易近人的作风让每个接触过朱老 师的人都充满正能量；樊老师对生物信息学的理解和积极好学的态度，常人难以 望其项背；叶老师思维灵活、作风干练，同样是我学习的榜样。 再次，感谢三年来朝夕相处的实验室同仁，感谢梁媚媚、张福涛、祁婷、周 莉媛、MamunMonir、李丽萍、孙喜伟、孔祥东、段忠取、蒋蓓蓓等对我的指导， 感谢刘守业、侯挺挺、潘兵、丁艺、蒋珏、林峰、徐挺、江龙达等的陪伴，与你 们同舟共济的日子是我最美好的回忆!另外感谢我的舍友孟宪文、白俊彦、楼奇 峰，祝你们一切顺利! 最后，感谢我的家人和朋友在各方面对我的支持和帮助。谨以此文献给所有 关心和帮助过我的人。 曹至左 2016年1月3日，紫金港 万方数据 浙江大学硕士学位论文 浙江大学硕士学位论文 摘要 摘要 论文采用蒙特卡洛模拟方法，研究了常见试验设计在关联分析中的优劣，明 确了半双列杂交设计及其变型、巢式关联分析定位群体设计在关联分析中的适用 性。另外，对试验设计的群体大小、交配方式、亲本规模、交配世代数、稀有变 异等因子对关联分析结果的影响也进行了模拟研究。主要结论如下： (1)常见的双列杂交设计及其变型、巢式关联分析定位设计及其变型都可 被应用于关联分析，其中半双列杂交设计、析因设计经济、高效，是开展关联分 析的首选，其次是独立循环设计、巢式关联分析定位设计，而双循环设计、单循 环设计因其较低的位点鉴别功效和有偏的效应值估计，关联分析中不宜采用。 (2)遗传率为40％时，在保证至少2250样本量的情况下，随着试验设计亲 本数目的增加，关联分析中半双列杂交设计对各位点的定位功效呈逐渐上升的趋 势，大部分位点最终达到100％，且效应值估计渐趋于无偏，其他试验设计的群 体容量亦可参照此标准；应在早代进行关联分析试验设计的个体选择，以保存较 大的变异量，同时采用低世代的分离群体，如F2世代群体，有利于获得较好的 关联分析结果。对稀有变异的模拟表明利用自然群体可定位效应较大的稀有变异， 但其效应值的估计不稳定。 本论文有关研究结果可为关联分析的试验设计提供指导，提高动植物数量性 状遗传结构剖析及功能基因鉴别的效率。 关键词：试验设计，关联分析，稀有变异，上位性，环境互作 万方数据 浙江大学硕士学位论文 浙江大学硕士学位论文 Abs仃act Abstract This thesis targets on exploring the performance of common experiment designs for association mapping with Monte-Carlo simulati