分子动力学软件在众核协处理器上的移植与测试-上海超级计算中心.PDFVIP

74 《高性能计算发展与应用》 2014年第一期 总第四十六期 分子动力学软件在众核协处理器上的移植与测试  寇大治 上海超级计算中心 上海201203 dzkou@ssc.net.cn 摘要: 本文以分子动力学软件GROMACS和LAMMPS为例介绍了众核计算平台的应用移植和 测试的情况，众核计算平台包括了最常见的Nvidia公司的GPU平台和Intel公司的Xeon Phi （MIC）平台，具体的内容包括软件的移植安装和使用方面的介绍以及软件测试运行方面的情 况，测试结果显示，GPU平台须对应用软件做专门的移植才能运行，且针对恰当的计算体系和 优化移植工作能够带来较好的性能加速，MIC平台无需更改就可以直接运行，但直接运行的性 能表现并不理想。 1.简介 能计算，对于原有的程序来说，只能重新编写相应 在计算机集群的架构中引入众核协处理器而