棕榈科植物种子内生细菌群落多样性的高通量测序分析-微生物学报.PDF

微生物学报 A cta Microbiologica Sinica 2019, 59(3): 554–565 /actamicrocn DOI: 10.13343/ki.wsxb Research Article 研究报告 棕榈科植物种子内生细菌群落多样性的高通量测序分析 刘媛，渠露露，叶美迪，黄曹生，朱月丹，王俏然，李淑彬* 华南师范大学生命科学学院，广东 广州 510631 摘要：【目的】探究棕榈科种子内生细菌群落组成及其随物种的差异。【方法】运用MiSeq 高通量方法 测定蒲葵、棕榈、加拿利海枣、山棕、软叶刺葵、短穗鱼尾葵及三药槟榔 7 种棕榈科种子内生细菌群落 16S rRNA 基因 V3–V4 区序列并进行生物信息学分析。【结果】7 种测试种子中获得的 V3–V4 区有效序 列数在 2341–40671 条之间，聚成 97–590 个操作分类单元(OTU) ，Shannon 指数计算为 1.35–2.94，以加 拿利海枣种子最高，山棕种子最低；种群归类结果显示不同种子中测得的各级细菌分类阶层总数及组成 不同，总丰度以厚壁菌门的肠球菌属最高，同为厚壁菌门的芽孢杆菌属次之；属级水平上，第一优势细 菌属分别为：蒲葵种子(芽孢杆菌属，45.8%) ，棕榈种子(肠球菌属，51.2%) ，山棕种子(肠球菌属，12.1%)， 短穗鱼尾葵种子(肠球菌属，32.6%) ，三药槟榔种子(肠球菌属，42.9%) ，软叶刺葵种子(肠球菌属，28.3%) ， 加拿利海枣种子(糖多孢菌属，31.2%)。各种子中次优势细菌属分别为：蒲葵种子(乳球菌属) ，棕榈、山 棕及三药槟榔种子(类芽孢杆菌属) ，加拿利海枣种子(戈登氏菌属) ，软叶刺葵和短穗鱼尾葵种子(鞘脂单 胞菌属) ；PICRUST 基因预测显示各种子均包含多个与人体器官及人类疾病相关的 KEGG 功能模块。此 外，各种子中均产生了丰度较高的外源物质降解、萜和聚酮合成、多糖合成等有益功能信息。【结论】 棕榈科植物种子内生细菌群落多样性较为丰富，群落组成随物种不同而异。各种子内生细菌群体中普遍 含多个与人和动物体相关的种群和功能信息，也定殖多种具有益功能性状的细菌类群，值得进一步研究。 关键词：棕榈科植物种子，内生细菌，多样性，MiSeq 高通量测序 业已证实，植物种子中定殖多样性的内生细 要菌株资源 [1,5–8] 。种子内生细菌及其生理生态功 菌，其种群组成随物种及其基因型、生长地及环 能已日渐重视，在水稻[6–7] 、油菜[5] 、丹参[8] 、拟 境条件不同而不同[1] 。种子内生细菌不仅与种子活 南芥[9] 、野生诺尼[10]等多种植物已得到相继研究。 性和种子品质密切相关，也影响种子萌发、植株 但是，目前有关种子内生细菌研究主要见于小型 生长、病害发生、逆境抗性等多种性状[1–5] 。种子 快生长植物上，而对木本植物特别是大型木本植 内生细菌也是植物促生菌剂及活性物质合成的重 物种子内生细菌的研究仅限于杉[11] 、咖啡[12] 、桉 *通信作者。Tel ：+86-20；Fax ：+86-20；E-mail ：shuli_1990@126.com 收稿日期：2018-05-09 ；修回日期：2018-08-18 ；网络出版日期：2018-11-29 刘媛等 | 微生物学报, 2019, 59(3) 555 树[13]等有限的几种植物。 溶液中浸泡表面灭菌 30 min ，用超纯水冲洗 3 次， 棕榈科 (Palmae)是仅次于禾本科和豆科的第 晾干后置于 15 °C 保存备用[24] ，并于 3 d 内完成种 三大经济植物科[14–16] 。棕榈科也是最古老的单子 子总 DNA 提取。每一种测试种子从 DNA 提取到 叶植物，对系统学研究有不可替代的作用[15] 。棕 测序分析均设置 3 个重复。每一重复中每一种种 榈科植物多为高大乔木，且主要起源和生长于热 子