第一章 生物信息学引论教材编辑.ppt

功能基因组学 蛋白质组学 cDNA阵列 转基因技术 噬菌体抗体文库 基因组学 图1-2 功能基因组学相关技术 * BIOINFORMATICS * * 不同生物的基因组比较具有重要的理论与应用价值。 例如，秀丽新小杆线虫(C.elegans)的全基因测序于1998年12月完成，这是人类获得的第一个多细胞生物的全基因序列(The C. elegans Sequencing Consortium,1998)。线虫基因组大小为9.7×108bp,约为人类基因组的1/30，基因19000多个，具有基因密度高(平均每5 kb有1个基因)、内含子少的特点。 BIOINFORMATICS * 数理与生物工程学院 * 比较基因组学研究表明，线虫具有许多与人及其他动物同源的基因或蛋白。 例如，人类已知44个疾病基因中有32个与线虫基因相吻合，其中人类早老性痴呆症、囊状纤维变性和洛氏综合征等均具有对应的线虫基因。因而，线虫基因组及比较基因组学分析方法在人类疾病基因的研究中将发挥重要作用。 BIOINFORMATICS * 数理与生物工程学院 * 1.6.3 基因芯片 基因微阵列或DNA芯片的原理是将几万个核苷酸或DNA作为探针，密集排列于硅片等固相支持物上，将研究样品标记后与微点阵杂交并进行检测。根据杂交信号强弱及探针位置和序列，可以确定靶DNA的表达情况以及突变和多态性存在与否。芯片技术的突出特点是高度并行化、多样化、微型化和自动化等，因而被广泛用于测序、转录情况分析、不同基因型细胞的表型分析以及基因诊断、药物设计等领域，成为后基因组时代基因功能分析的支撑技术之一。 BIOINFORMATICS * 数理与生物工程学院 随着DNA芯片或蛋白质芯片的高通量检测获得数据能力的迅速增加，如何进行快速有效的数据分析成为生物信息学的一项重要任务。例如，2000年在瑞士召开的lab-chips and microarrays会议最后与剑桥健康技术研究院(CHI）的生物信息学会议合二为一。会议报告包括了下面几项内容： (1) 将EST测序与cDNA微阵列计划相整合，增强新的诊断基因的鉴定能力，用于环境毒理监测。新的发展趋势是将芯片上的基因数目增加至1200-1300个，并逐步实用化。 * BIOINFORMATICS * 数理与生物工程学院 * (2)开发统计分析工具及软件，如GeneData Expressionist主要用于检验数据的可重复性与灵敏度，同时检测芯片生产、探针配备和图像分析中可能出现的问题。聚类分析（cluster analysis）是目前常用的一种多元数据分析方法，简单实用，但缺乏严格的统计检验基础，因而是一种过渡性方法。目前，基因芯片数据处理仍然需要发展新的分析方法与工具。 BIOINFORMATICS * 数理与生物工程学院 * 1.5.4药物开发 如前所述，新药开发是生物信息学的主要应用领域，也是生物信息学研究与开发中主要的经费来源。基因组研究对现代与未来药物学和药理学产生了重大影响，尤其为新药筛选、药靶设计和分子药理学研究，以及疑难病的药物设计和途径选择等提供了新的方法论基础。基因组学与药物学的结合已产生出一门新的分支学科—药物基因组学（pharmaco-genomics）。 BIOINFORMATICS * 数理与生物工程学院 * 简而言之，药物基因组学旨在理解个体对药物不同反应的遗传背景，即为什么某种药物对一部分人群有效，而对另一部分人群效果不佳或完全失效。制药公司将充分应用药物基因组学及生物信息学其他分支学科的理论知识和技术手段来设计临床实验并模拟和分析理论与实验数据。这将大大减少新药开发成本，缩短开发周期，为患者、医生和健康医疗机构等诸方面带来选择性治疗的革命。 BIOINFORMATICS * 数理与生物工程学院 * 模式生物及其基因组比较是现阶段药物基因组学的重要手段之一，这不仅体现在可以通过同源比较来获得基因信息，而且可以藉生物技术快速获得有关途径（pathway)与交互作用(interaction)信息。 BIOINFORMATICS * 数理与生物工程学院 * 图1-3反映了在潜在的药物靶标设计过程中，模式生物与比较基因组学研究以及新的实验技术所获得的知识相整合的必要性，这可以补充和发展的序列—结构—功能方法。 BIOINFORMATICS * 数理与生物工程学院 * 例如，近来人们已经发现核受体 (nuclear recentor.NR)超基因家族中包含一些重要的药物靶标，同时令人惊讶地发现在线虫中含有200多个该基因家族成员。这一研究成果已在药物开发中发挥了新的作用。 BIOI