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水稻小RNA的基因组分布和分子进化研究 生物化学与分子生物学 2008-6-9 王晟 樊龙江 教授，李德葆 教授 大纲 第1章 文献综述 第2章 水稻等禾本科TAS3基因的比较与分子进化分析 第3章 水稻MIR156b/c基因的进化与选择分析 第4章 水稻小RNA的全基因组分析 2 第1章 文献综述 3 植物小RNA 植物基因组的倍增事件 4 植物中的小RNA途径 (Bonnet et al., 2006) microRNA siRNA tasiRNA 植物基因组的倍增事件 5 水稻 (A) 和拟南芥 (B) 倍增基因对点状示意图 (Zhang et al., 2005) (Zhang et al., 2005) 第2章 水稻等禾本科TAS3基因的比较与分子进化 禾本科中候选TAS3基因的鉴别 TAS3基因的系统发育和进化分析 TAS3基因的其他特征 6 TAS3基因 7 … … tasiARF tasiARF Two-tasiARF TAS3 miRNA binding site miRNA binding site … … tasiARF One-tasiARF TAS3 miRNA binding site miRNA binding site TAS3基因的系统发育树 8 禾本科中one-tasiARF TAS3基因的系统发育树 禾本科中two-tasiARF TAS3基因的系统发育树 松：红色 双子叶植物：浅蓝色 禾本科的 TAS3 基因：黑蓝色 TAS3基因的计算识别 9 TAS3基因的进化 10 植物中TAS3基因的进化 彩色的格子表示在相应物种中检测到的TAS3基因，不同的颜色代表不同的亚类或组。缩写：Os: 水稻; Hv: 大麦; Ta: 小麦; Zm: 玉米;Sb: 高粱; Br: 十字花科; Ot: 除了Br以外的双子叶植物；Pi：白云杉和北美云杉；Pt：火炬松；Pp： 小立碗藓; Gym: 裸子植物。 TAS3基因的PCR扩增和测序 基于数据库挖掘找到的TAS3基因上保守的tasiARF和3’miR390互补位点设计三对PCR引物，分别被用来扩增玉米，大麦，小麦，高粱和甘蔗上的one- 和 two-tasiARF TAS3 基因（EU327115-EU327141）。 11 部分one-tasiARF TAS3基因的多序列联配 部分two-tasiARF TAS3基因的多序列联配 3’末端的相位保守性 12 在tasiARF 和3’ miR390 互补位点之间的区域上，相位排布结构具有高度的保守性，3’区域序列长度严格按照以相位长度（21 nt）为单位的变化规则。 C 结合位点和相位序列的保守性 13 禾本科中tasiARF和两个miR390互补位点上序列保守性 每个位置上的标识（logo）的高度，对应于位点的保守性。 TAS3基因的起源 14 禾本科和苔藓中TAS3基因的茎环结构 tasiARF 5’端的5个核苷酸（UUCUU）位于顶部的环上 水稻中的TAS3-like基因座位 位于miR390靶基因LRR-kinase编码区的TAS3-like基因 第3章 水稻MIR156b/c基因的进化与选择分析 15 基因组倍增驱动的MIR156b/c 的进化 禾本科作物之间MIR156b/c 的高度保守性 MIR156b/c的遗传多样性和选择分析 水稻miR156家族的基因组分布和系统发育树 16 17 MIR156b/c在禾本科中的保守性 MIR156b/c的遗传多样性和选择 18 核酸多态性和选择检验 第4章 水稻小RNA的全基因组分析 19 小RNA序列的概况 产生小RNA位点的分布 在种子两个发育时期表达存在差异的基因座位 水稻基因组复制块上小RNA分布的差异 数据来源和分析 材料为粳稻（日本晴）发育的种子，分别在受精后（days-after-fertilization，DAF）1-5天（G1期）和6-10天（G6期）两个发育时期收集小RNA样品。通过Illumina高通量测序技术，获得了680多万条非冗余的小RNA读序。 用BLAST将其定位到水稻基因组上（TIGR，版本5）。 小RNA的序列，位置和来源等信息存入MySQL数据库，其中位置信息基于Bio::DB::GFF数据库模式，按照称为’bin’的格式存储，可以将查询速度提高1~2个数量级。 20 小RNA序列的概况 21 小RNA数量分布 这些小RNA所覆盖的基因组序列长度为42,826,369 bp，占水稻基因组（372,077,801）的11.5%。这些小RNA中，89.4%（17,898,912条）的长度为21~24 nt，其中主要是24 nt（65.0%）。 22 小RNA