鸡肠炎沙门氏菌感染相关microRNA的鉴定及其与靶基因互作关系的研究-动物遗传育种与繁殖专业论文.docxVIP

2．2．3簇生成 2．2．3簇生成 ．19 2．2．4 Illumina Hiseq2000测序 20 2．2．5 Illumina／Solexa测序数据分析 。20 2．2．6差异表达miRNAs的qRT-PCR验证 22 2．2．7基因的定量表达分析 ．24 2．2．8数据统计与分析 ．25 3结果与分析 ．27 3．1 RNA质量检测及文库构建 。27 3．2 miRNA测序及数据生物信息学分析 。27 3．2．1测序原始数据的预处理 ．27 3．2．2参考基因组比对 ．29 3．2．3 Rfam比对 ．32 3．2．4新miRNA预测 ．35 3．2．5 miRNA表达谱分析 36 3．2．6 miRNA差异表达分析 37 3．2．7差异表达miRNA靶基因预测 ．．40 3．2．8差异表达miRNA靶基因GO功能注释 40 3．2．9差异表达miRNA靶基因的KEGG分析 ．42 3．3差异表达miRNA的qRT-PCR验证结果 43 3．4差异表达miRNAs感染后不同时间点表达 44 3．5寿光鸡中差异表达miRNAs表达情况 45 3．6差异表达miRNAs靶基因表达分析 46 3．7寿光鸡中差异表达miRNA的靶基因表达分析 。47 4讨论 ． ．49 4．1 Solexa测序数据的有效性 49 4．2差异表达miRNA ．．49 4．3差异表达miRNA靶基因功能分析 ．50 4．4 miRNA与靶基因的互作关系分析 ．．52 5结论与展望 ．53 5．1结论 53 万方数据 5．2创新与展望 5．2创新与展望 53 5．2．1创新之处 ．53 5．2．2研究展望 54 翌|[谢 ． 。 。 ．． 。 ．． 。60 攻读学位期间发表论文情况 。61 万方数据 山东农业大学硕士学位论文中文摘要 山东农业大学硕士学位论文 中文摘要 MicroRNA(miRNA)是一类长度约22nt的内源性非编码小RNA，与靶基因YUTR结 合在转录后水平调控靶基因的表达，在细胞增殖、分化、凋亡、神经发育、脂肪代谢等 很多生物学过程中发挥重要作用。最近研究显示，miRNA在细菌、病毒感染中也发挥 重要作用。肠炎沙门氏菌是一种食源性病原菌，具有重要的公共卫生学意义，主要通过 侵袭肠道粘膜，引起严重的肠道炎症。宿主的遗传背景在鸡抵御肠炎沙门氏菌感染中起 重要作用，不同品系(品种)的鸡对肠炎沙门氏菌的易感性航性有显著差异。近几年， Solexa高通量测序技术成为各物种microRNA分析鉴定的有力工具，目前关于细菌、病 毒感染鸡的方面都有应用，microRNA在鸡肠炎沙门氏菌感染中的调控机制尚不清楚。 本研究利用肠炎沙门氏菌感染20周龄自来航鸡，感染后第7天采集盲肠样品，对 照组与处理组分别构建3个小RNA文库，即对照组：Cpl、Cp2、Cp3，处理组：Tpl、 Tp2、Tp3，共6个文库。利用Solexa高通量测序技术分析鉴定肠炎沙门氏菌感染后差 异表达的miRNA，并利用荧光定量PCR对测序结果进行分析验证，同时，利用荧光定 量PCR分析肠炎沙门氏菌感染后自来航鸡与寿光鸡盲肠组织中miRNA与其靶基因的表 达情况。结果显示： (1)通过Solexa高通量测序，在Cpl、Cp2、Cp3、Tpl、Tp2、Tp3六个文库中经过 筛选获得clean data分别为1972566、3017995、22447111852677和2708904， 分别占到其总读数的17．724％、33．542％、17．995％、58．832％、17．570％和30．987％。 (2)通过生物信息学分析，共鉴定7404个已知的鸡miRNA以及194个新miRNA。 处理组与对照组间共有37个显著差异表达microRNAs，其中已知的miRNAl9个，包括15 个上调miRNA和4个下调miRNA：预测的新miRNA共18个，包括7个上调miRNA和11个 下调血RNA。 (3)采用miRanda软件对差异表达的miRNAs进行靶基因预测，共预i贝!I至U2897个不 同的靶基因，其中636个靶基因仅由下调的miRNA调控(G1)；841个靶基因仅由上调的 miRNA调控(G2)；1420个靶基因同时由下调和上调的miRNA调控(G3)。通过与Biomart 数据库中免疫相关的基因比对，共得至tJl76个免疫相关的靶基因。 (4)利用DAVID数据库对靶基因进行功能分析，其中G1相关的生物学过程注释有 118条，G2相关生物学过程注释有73条，G3相关生物学过程注释有178条，各组中均有 I 万方数据 鸡肠炎沙门氏菌感染相关mieroRNA的鉴定及其与靶基因互作关系的研究免疫相关的生物学过程注释显著富集。显著富集的信号通路主要有细