混合DNA分析sepDNA软件的 应用效能评估及其模块拓展-法医学专业论文.docx

万方数据 万方数据 目 录 中文摘要……………………………………………………………………1 英文摘要………………………………………………………………………4 英文缩写………………………………………………………………………7 研究论文混合 DNA 分析 sepDNA 软件的应用效能评估及其模块拓展 前言…………………………………………………………………8 材料与方法.…………………………………………………………….10 结果……………………………………………………………………..21 附图……………………………………………………………………..32 附表……………………………………………………………………..57 讨论……………………………………………………………………..79 结论……………………………………………………………………..83 参考文献………………………………………………………………..84 综述法医 STR 基因型分析方面的研究进展……………………...……87 致谢…………………………………………………………………………..99 个人简历……………………………………………………………………100 中 中 文 摘 要 PAGE 10万方数据 PAGE 10 万方数据 混合 DNA 分析 sepDNA 软件的 应用效能评估及其模块拓展 摘 要 目的：最常见的混合 DNA 出现于强奸案中，该混合 DNA 通常由精液 （男性成分）和阴道液（女性成分）组成，目前可以采用多种方法来达到 分离混合斑中男性成分和女性成分的目的。然而，在某些轮奸案现场会采 集到两名甚至更多男性的混合精斑，或者在某些凶杀案现场中会采集到两 名甚至更多个体的混合血迹或脱落上皮细胞的混合物等，这些混合 DNA 的个体识别问题，一直是混合 DNA 分析中的难题。 从 1998 年至今，用于混合 DNA 分离的各类软件的出现使混合 DNA 分析在生物统计学方面得到了完善和发展，并为案件的侦破提供依据。然 而，我国一直没有自主研发的针对混合 DNA 分离分析的相关软件，因此， 对混合 DNA 分析软件的研发具有现实意义。 本实验室前期已自主研发了一款用于混合 DNA 分析的 sepDNA 软件， 目前该软件包含 IDfiler（针对 Life Technology 公司的 ID 试剂盒检测）和 Yfiler（针对 Life Technology 公司的 Yfiler 试剂盒）两个 STR 检测模块， 软件的两个 STR 分型数学模型分别是 Bayes 和 Iter，能够对两男和三男混 合 DNA 进行 STR 基因型分离，通过对这两个数学模型的联合分析和综合 考虑，从而推断出混合 DNA 的来源个体，并能够实现混合 DNA 各组分 的个人识别“圈定”。因此，该研究课题主要针对本实验室自主研发的 sepDNA 软件，旨在对该软件已有试剂盒模块进行应用效能验证，并利用 构建的混合 DNA 实验模型来增加其试剂盒模块，以拓展软件的检测应用 范围。 方法： 1 收集北京市局和山西省厅近年已破获的涉及混合 DNA 的 DNA 分 型数据（包括混合 STR 分型及各混合 DNA 对应的已知来源个体的相关 STR 数据），通过对各案例的混合 STR 数据进行 sepDNA 软件分析，将 软件分析结果与该混合 DNA 的已知来源个体的数据信息进行比较分析， 对分析结果进行统计从而得到该软件对混合 DNA 分型的分离准确率，进 而对该软件已有模块进行应用效能评估。 2应用PureLink? Genomic DNA Kit（美国Life Technologies公司）提取 来自河北省血液中心的50名无关男子抗凝血样的全基因组DNA，按不同 混合梯度构建两男和三男混合DNA模型，选用AmpF?STR? Identifiler? Plus Kit、AmpF?STR? MinifilerTM Kit和Goldeneye? DNA身份鉴定系统20A Kit共三个商品化试剂盒进行PCR扩增、电泳，对不同试剂盒STR检测系统 针对两男和三男混合DNA模型的APH/APA、Mx、Hb、Ci等进行参数评估。 通过将各混合DNA分型的sepDNA软件分离结果与各混合DNA对应的已 知来源个体信息进行比较，采用Kruskal-Wallis H检验、Student-Newman- Keuls检验、配对四格表McNemar检验、Pearson Chi-square检验、Dunnett’s 检验等统计分析方法，分别对每个试剂盒进行sepDNA软件的应用效能评 估，并将各试剂盒共有基因座挑选出来进行比较分析，以此来拓展软件的 应用范围。 结果： 1 应用效能